新しくfastaファイルの生成の仕方

Question

fastaファイルの読み方はわかるのですが、そのファイルの中身をpython上でデータ調整したもの、部分的に抽出したものだけを、新たに別のfastaファイルとして生成するにはどうしたらよいですか？writeを使うようですが、pythonを初めて2か月で、どう処理して良いかわかりません。
A = SeqIO.read("EPI_ISL_2086323.fasta", "fasta")
A_S = A[20000:22000]
と、読み込んで、切り取ったデータだけをfastaファイルとして新しく作ることは可能ですか？

また、その方法を教えてください。

Answer 1

SeqIO.writeの使い方は、次のとおりです。

SeqIO.write(sequences, handle, format)

ここでsequenceとは、

- sequences - A list (or iterator) of SeqRecord objects, or (if using
               Biopython 1.54 or later) a single SeqRecord.

SeqRecord objectとは、ざっくりいうと「SeqRecordという種類（クラス）のデータセット」というぐらいの意味です。

SeqIO.readで得られる結果はSeqRecord objectです。これを通常の文字列のようにスライスすると、部分配列をデータとしてもつ別のSeqRecord objectが得られます。

従って、ざっくり次のような感じになるでしょう。

from Bio import SeqIO

A = SeqIO.read("EPI_ISL_2086323.fasta", "fasta")
A_S = A[20000:22000]

SeqIO.write(A_S, "output.fasta", "fasta")

Comments

[saddananda]

なるほど！ありがとうございます。ファイル名がoutput.fastaになるのですね！本当に助かりました。またよろしくお願いいたします！

[saddananda]

上記の書き込みだと、IDは消えてしまってるのでしょうか？生成したら、'str' object has no attribute 'id'と出ました。別枠で質問した方が良いでしょうか。

[KojiDoi]

再現しませんが…。ここで書いたこと以外の何かを試みたなら、別質問にしたほうがいいでしょう。

[saddananda]

ありがとうございます！