Wordpressを使用せずに「index.php」を作成した場合、実際にWebサイトでそれがトップページとして認識されるのか教えて欲しいです。
「WordPressを使用せずに」という前提がある時点で「index.htmlなども何も同じ階層になければ、サーバーの設定次第でそれが”インデックス”として認識される」というのはこたえられます。
ドキュメントルート配下の話だとしたら、http://example.com/でアクセスしたときに読まれるファイルのことです。
サーバーの設定次第です。
既にある回答にあるようにDirectoryIndex指定ができるサーバーであることが前提です(あとPHPがインストール・動作するサーバー)
それが「トップページかどうか」は作る人が決めることでもあるので、
「何に対して認識させたいか」定義を具体的にすることです。
「最上位ページ」とするなら、パンくずリストやサイトマップなどで明示する必要はあるでしょうし、1枚ページなら他のページがないので不要です。
何にしても「定義」です。