・Windowsは有料で、Linuxは基本無料ですね。(有料のLinuxもありますが。。。)
・OS上で動作するプログラムを作成する時の開発環境もWindowsとLinuxで違うと思います。Windowsであれば、Visual Studioを使うのが一般的ですが、Linuxは、無料で配布されているgccを使うことが多いと思います。ただ、WindowsとLinuxで同じような環境を準備しているものもあると思います。
・現在は、WindowsはスマホのOSではないですが、Linuxは、スマホで使われています。
・勉強するのであれば、Windowsは、仕組みがクローズなので不明な部分がありますが、Linuxはオープンなので、すべてをすることができるます。そのため、探求するのに向いていると思います。やろうと思えばなんでも開発できます!