macOS BigSurにて、Command Line Toolsが認識されていない

Question

graphvizをbrew経由でインストールしようとしたのですが、以下のエラーが出ました。

Error: python@3.9: the bottle needs the Apple Command Line Tools to be installed.
  You can install them, if desired, with:
    xcode-select --install

You can try to install from source with:
  brew install --build-from-source python@3.9
Please note building from source is unsupported. You will encounter build
failures with some formulae. If you experience any issues please create pull
requests instead of asking for help on Homebrew's GitHub, Twitter or any other
official channels.

しかし、Command line toolsはいぜんインストールしていたためおかしいと思い、確認したところ、入っておりました。
以下の方法で確認いたしました。

①sudo xcodebuild -licenseでの確認
Xcode and Apple SDKs Agreementから始まるライセンスが表示されました。

②xcodenのpreferenceでの確認

③brew --config
この方法では確認できませんでした。

HOMEBREW_VERSION: 3.0.5
ORIGIN: https://github.com/Homebrew/brew
HEAD: 8b677c0ddd5f96b5521c1b353a9ca07dfe57b80e
Last commit: 2 days ago
Core tap ORIGIN: https://github.com/Homebrew/homebrew-core
Core tap HEAD: c7e2ccbb9fd30c2782f334d5eeb5fba9a98827ed
Core tap last commit: 30 minutes ago
Core tap branch: master
HOMEBREW_PREFIX: /usr/local
HOMEBREW_CASK_OPTS: []
HOMEBREW_MAKE_JOBS: 8
Homebrew Ruby: 2.6.3 => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.6/usr/bin/ruby
CPU: octa-core 64-bit kabylake
Clang: 12.0 build 1200
Git: 2.24.3 => /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/bin/git
Curl: 7.64.1 => /usr/bin/curl
macOS: 11.2.3-x86_64
CLT: N/A
Xcode: 12.4

認識されていないのではと思います。

===============追記===================

xcode-select --install

にて再インストールして一応は解決したのですが、原因がわからないためもやもやします。
現在Command line toolsが２つ別の場所にインストールされているのではないかや、そもそもどうしてインストールされていたはずのCommand line tools が認識されていなかったのかを解決したいです。

Answer 1

OSのアップデートをしたとき（最近だと3月9日の11.2.3がありました）に、Command Line Toolsを入れ直す必要があります。
正確には"いつも必ず"かどうかわからないので"必要がある場合があります"かもしれませんが、体感的にはOSのアップデートとxcode-select --installを自分で実行するのはいつもセットのように思います。

（OSアップデート後しばらく経ってから質問のような状況に遭遇して"そういえばやってなかった"となるのがいつものパターンです）

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Command Line Toolsの確認方法は

pkgutil --pkg-info=com.apple.pkg.CLTools_Executables

もあります。

質問の①②がCommand Line Toolsの確認になっているかどうかは私には分かりません。（私はXCodeを入れてないので）