事情によりデバッガやprintデバッグが使えないのですが
システムの動きを理解するにはどうしたら良いでしょう。
どんな事情ですか?
それらが使えないのはかなり不利なので使えるものはなんでも使いましょう。
システムを理解するのと、コードを理解するのでは大きく違うと思いますが、どちらでしょうか?
設計書・仕様書はあるのでしょうか?
組み込みかWEBかで違うような?組み込みの事は知らんけど
何も分からない、リファレンスが無い状態でいきなりプログラムだけ渡されても正しい動きが理解できるはずがなく、そんな状態でコツなんて存在し得ないので、手に入るあらゆる情報とそれを補間する当事者の想像力と経験値で立ち向かうしかないです。既に指摘いただいているように、システムとコード、どちらの理解なのか、WEB, 組み込み, バックエンド, フロントエンド、分野ごとにもそれぞれのノウハウがあるでしょうから、質問者さんの置かれている状況をもっと詳細に記載した方が良いです。