パッケージ数では確かにMacPortsですね。
違いとして、
- Homebrewは一般ユーザーとしてインストール
- MacPortsはルートとしてインストール
します。その他、
- Homebrewはなるべくミニマムなインストール
- MacPortsは必要な依存パッケージもまるごとすべてインストール
します。
この違いから環境への依存具合がポイントになってきます。
Homebrewは環境にかなり依存します。MacPortsは環境への依存は小さいです。
Linuxサーバーの構築などの場面では環境依存は小さいほうが良いですが、Macようなユーザーがおおよそ一人の文字通りパーソナルコンピュータの場合、環境依存性は問題にならないと思います。
また、ストレージの容量もあるので個人的にはHomebrewがいいと思いますね。ユーザー数を見てもHomebrewのほうが人気なのは明らかです。
HomebrewにはHomebrew-caskというものもあり、CUIアプリケーションだけではなくGUIアプリケーションも管理対象にできます。
私も実際にChromeなどをHomebrew-caskで管理しています。
(MacPortsにこのような機能があるのかは知りませんが……)