C statisticからCox-Snell R２を求めたいのですが…

Question

前提・実現したいこと

初心者で申し訳ありません。
論文doi.org/10.1002/sim.8806に記載されているようにC統計量（AUC値）から
Cox-Snell R２を求めたいです。
最終的にCox-Snell R２よりsample sizeを出したいと考えています。

APPENDIXにされているRコードを試してみているのですがうまくいきません。return以下で
エラーがでてきます。何とかならないでしょうか？

発生している問題・エラーメッセージ

return以下でエラーとなります。

エラー: 想定外の入力です in:
"}
return(list(R2.nagelkerke = as.numeric(fit$stats[’"

}

エラー: 予想外の '}' です in "}"

Answer 1

おそらくWeb上に記載されているコードをそのままコピペして使われたのだろうと思いますが、そのコードの中に不適切な文字が使用されているためにエラーが起きています。
具体的には、普通のハイフン（U+002D）が別のハイフン（U+2010）に置き換わっています。
このようなちょっとした文字違いや表示されない制御文字などがエラーの原因になることがあるので、Web上にあるコードなどを利用する場合には注意が必要です。
また提示されているコード内で使用されている関数 lrm() を使用するために rms というライブラリを読み込む必要があろうかと思います。
こちらのコードを試して確認してみて下さい。

library(rms)

approximate_R2 <- function(auc, prev, n = 1000000){
mu <- sqrt(2) * qnorm(auc)
LP <- c(rnorm(prev*n,  mean=0, sd=1), rnorm((1-prev)*n, mean=mu, sd=1))
y <- c(rep(0, prev*n), rep(1, (1-prev)*n))
fit <- lrm(y ~LP)
max_R2 <- function(prev){
1-(prev^prev*(1-prev)^(1-prev))^2
}
return(list(R2.nagelkerke = as.numeric(fit$stats['R2']),
R2.coxsnell = as.numeric(fit$stats['R2']) * max_R2(prev)))
}

set.seed(1234)
approximate_R2(auc = 0.81, prev = 0.77, n=1000000)


# $R2.nagelkerke
# [1] 0.3183689

# $R2.coxsnell
# [1] 0.2100957

A note on estimating the Cox‐Snell R2 from a reported C statistic (AUROC) to inform sample size calculations for developing a prediction model with a binary outcome

Comments

[uramasa]

ありがとうございました。助かりました。
コピペして修正していたのですが、まさかハイフンとは気づきませんでした。

Answer 2

ソースのどこかに誤字脱字があるんでしょう。カッコか引用符が抜けている可能性が高いです。頑張って探してください。

Comments

[KojiDoi]

奇怪にも-1つけられてしまいましたが、ソースが提示されていないので、これ以上の具体的な回答は無理ですね。エスパーじゃねえんだからさ。