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R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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1回答

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RstanでMCMC(ベイズ推定)を行いたいです。

ainjhamn_

総合スコア1

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2021/02/18 13:43

編集2021/02/18 13:45

前提・実現したいこと

RでMCMCを勉強しているものです。
rstanをインストールし、MCMCを行いたいのですが
エラーが表示されてしまいます。

発生している問題・エラーメッセージ

DIAGNOSTIC(S) FROM PARSER:
Info: assignment operator <- deprecated in the Stan language; use = instead.

make cmd is
make -f "C:/R-401.4/etc/x64/Makeconf" -f "C:/R-401.4/share/make/winshlib.mk" CXX='$(CXX14) $(CXX14STD)' CXXFLAGS='$(CXX14FLAGS)' CXXPICFLAGS='$(CXX14PICFLAGS)' SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXX14LDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXX14LD)' SHLIB="file333459b44459.dll" WIN=64 TCLBIN=64 OBJECTS="file333459b44459.o"

make would use
警告メッセージ:
system(paste(cmd, "-n")) で: 'make' not found
compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) でエラー:
警告メッセージ: system(cmd) で: 'make' not found
追加情報: 警告メッセージ:
system(paste(CXX, ARGS), ignore.stdout = TRUE, ignore.stderr = TRUE) で:
'-E' not found
sink(type = "output") でエラー: コネクションが不正です

該当のソースコード

model <- '

  • data {
  • int<lower=0> N;
  • real X[N];
  • real MeanX;
  • int<lower=0> Y[N];
  • }
  • parameters {
  • real beta1;
  • real beta2;
  • }
  • transformed parameters {
  • real<lower=0> lambda[N];
  • for (i in 1:N) {
  • lambda[i] <- exp(beta1 + beta2 * (X[i] - MeanX));
  • }
  • }
  • model {
  • for (i in 1:N) {
  • Y[i] ~ poisson(lambda[i]);
  • }
  • beta1 ~ normal(0, 100);
  • beta2 ~ normal(0, 100);
  • }'

data <- list(N = nrow(d),

  • X = d$x,
  • Y = d$y,
  • MeanX = mean(d$x))

fit <- stan(model_code = model, data = data,

  • warmup = 100, iter = 1600, chains = 3)

試したこと

Rを再インストールし環境変数を設定しました。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

R version 4.0.4
rstan 2.21.2

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回答1

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ベストアンサー

OSはwindowsでしょうか。であればRtoolsのインストールをまず実行してください。

投稿2021/02/18 15:30

KojiDoi

総合スコア13671

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ainjhamn_

2021/02/19 12:21

教えていただいたサイトを参考にRtoolsを再インスト‐ルしたところ 無事動きました! ありがとうございました。
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