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CentOS

CentOSは、主にRed Hat Enterprise Linux(RHEL)をベースにした、フリーのソフトウェアオペレーティングシステムです。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

Docker

Dockerは、Docker社が開発したオープンソースのコンテナー管理ソフトウェアの1つです

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Rスクリプトのバッチ実行

taro373

総合スコア189

CentOS

CentOSは、主にRed Hat Enterprise Linux(RHEL)をベースにした、フリーのソフトウェアオペレーティングシステムです。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

Docker

Dockerは、Docker社が開発したオープンソースのコンテナー管理ソフトウェアの1つです

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投稿2021/02/17 07:36

Dockerで起動したCentOS上でRコマンドをバッチで実行しようとしています。
サンプルとしてパラメータを2つ受け取って足すだけのRスクリプトを作りした。

このスクリプトの実行方法を調べると、いくつか見つかったのでそれぞれ実行してみました。
渡したパラメータを加算するスクリプトはどの方法でも実行できましたが、
『正解』はどれなのでしょうか。
スクリプトファイルの渡し方が異なるだけで、中身は同じなのでしょうか。

もし、違いがあるのでしたら、それぞれの方法の長所・短所があれば教えてください。

Dockerの実行

$ docker start -i cent-rlang [root@d2771a275f13 /]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.8.2003 (Core)

方法1 R CMD BATCH

# R CMD BATCH --slave --vanilla '--args x=10 y=20' /data/script.R script.R.log # cat script.R.log [1] 30 > proc.time() user system elapsed 0.188 0.037 0.231

方法2 リダイレクト

# R --slave --vanilla '--args x=10 y=20'< /data/script.R [1] 30

方法3 Rscript 

# Rscript /data/script.R 'x=10' 'y=20' [1] 30

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https://www.oreilly.co.jp/pub/9784873115337/r_ckbk_webapp.pdf

この文書の「レシピC.13」にわかりやすく解説されています。

ここに書かれていない「方法2 リダイレクト」はお手軽な方法ではあります(実は私もよく使う)が、標準入力からデータを受け取ることが出来ないという制約がありますね。

投稿2021/02/17 08:11

KojiDoi

総合スコア13692

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taro373

2021/02/18 02:19

「Rクックブック」の付録ですね。理解できて、安心してバッチで実行ができます。 ありがとうございました。
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