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Python 2.7

Python 2.7は2.xシリーズでは最後のメジャーバージョンです。Python3.1にある機能の多くが含まれています。

MacOS(OSX)

MacOSとは、Appleの開発していたGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)を採用したオペレーションシステム(OS)です。Macintoshと共に、市場に出てGUIの普及に大きく貢献しました。

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MacでのQiime1インストールでのエラー

k-ta_watanabe

総合スコア1

Python 2.7

Python 2.7は2.xシリーズでは最後のメジャーバージョンです。Python3.1にある機能の多くが含まれています。

MacOS(OSX)

MacOSとは、Appleの開発していたGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)を採用したオペレーションシステム(OS)です。Macintoshと共に、市場に出てGUIの普及に大きく貢献しました。

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投稿2021/01/12 09:46

Qiime1をHP(http://qiime.org/install/install.html)の手順にしたがってインストールさせようとしていますが、
ターミナルに
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=3.3.2 mock nose -c bioconda
と入力すると、下記の様なエラーメッセージが表示されます


Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: /
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes. Press CTRL-C to abort.
failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

Package python conflicts for:
nose -> python_abi=3.7[build=_cp37m] -> python[version='3.7.|>=3.9,<3.10.0a0|3.8.']
qiime -> biom-format[version='>=2.1.4,<2.2.0'] -> python[version='
|3.4.|3.5.|3.6.|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.5|>=2.7|>=3.6|>=3.8.0a,<3.9.0a0|<3']
qiime -> python=2.7
mock -> six -> python[version='3.7.
|3.9.|3.8.']
nose -> python[version='2.7.|3.4.|3.5.|3.6.|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.6|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.8.0a,<3.9.0a0|>=3.5,<3.6.0a0']
mock -> python[version='2.7.|3.4.|3.5.|3.6.|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.6|>=3.5,<3.6.0a0']
python=2.7

Package pypy3.7 conflicts for:
mock -> python[version='>=3.7,<3.8.0a0'] -> pypy3.7[version='7.3.|7.3.3.']
nose -> python[version='>=3.6'] -> pypy3.7[version='7.3.3.*|>=7.3.3']
matplotlib=3.3.2 -> python[version='>=3.7,<3.8.0a0'] -> pypy3.7=7.3.3
qiime -> mock -> pypy3.7[version='>=7.3.3']
mock -> pypy3.7[version='>=7.3.3']

Package expat conflicts for:
mock -> pypy3.7[version='>=7.3.3'] -> expat[version='>=2.2.9,<2.3.0a0']
matplotlib=3.3.2 -> pypy3.6[version='>=7.3.2'] -> expat[version='>=2.2.9,<2.3.0a0']

Package python_abi conflicts for:
matplotlib=3.3.2 -> python[version='>=3.7,<3.8.0a0'] -> python_abi==3.7[build=_pypy37_pp73]
matplotlib=3.3.2 -> python_abi[version='3.6.
|3.6|3.8.|3.9.|3.7.',build='_cp36m|_cp39|_pypy36_pp73|_cp38|_cp37m']

Package ca-certificates conflicts for:
python=2.7 -> ca-certificates
nose -> python[version='>=2.7,<2.8.0a0'] -> ca-certificates
mock -> python[version='>=2.7,<2.8.0a0'] -> ca-certificates
qiime -> python=2.7 -> ca-certificates

Package setuptools conflicts for:
matplotlib=3.3.2 -> matplotlib-base[version='>=3.3.2,<3.3.3.0a0'] -> setuptools
qiime -> biom-format[version='>=2.1.4,<2.2.0'] -> setuptools
nose -> setuptools
python=2.7 -> pip -> setuptools

Package pypy3.6 conflicts for:
matplotlib=3.3.2 -> matplotlib-base[version='>=3.3.2,<3.3.3.0a0'] -> pypy3.6[version='7.3.|7.3.0.|7.3.1.|7.3.2.|7.3.3.*|>=7.3.1']
matplotlib=3.3.2 -> pypy3.6[version='>=7.3.2']

Package matplotlib conflicts for:
qiime -> matplotlib[version='<=1.9|>=1.1.0,!=1.4.2,<1.5.0']
matplotlib=3.3.2
qiime -> cogent==1.5.3 -> matplotlib[version='>=1.1.0']

Package certifi conflicts for:
matplotlib=3.3.2 -> matplotlib-base[version='>=3.3.2,<3.3.3.0a0'] -> certifi[version='>=2020.06.20']
nose -> setuptools -> certifi[version='>=2016.09|>=2016.9.26']

Package xz conflicts for:
mock -> pypy3.7[version='>=7.3.3'] -> xz[version='5.0.|5.2.|>=5.2.3,<5.3.0a0|>=5.2.4,<5.3.0a0|>=5.2.5,<5.3.0a0|>=5.2.5,<6.0a0|>=5.2.4,<6.0a0|>=5.2.3,<6.0a0']
nose -> python[version='>=3.6'] -> xz[version='5.0.|5.2.|>=5.2.3,<5.3.0a0|>=5.2.4,<5.3.0a0|>=5.2.5,<5.3.0a0|>=5.2.5,<6.0a0|>=5.2.4,<6.0a0|>=5.2.3,<6.0a0']
matplotlib=3.3.2 -> pypy3.6[version='>=7.3.2'] -> xz[version='5.2.*|>=5.2.3,<5.3.0a0|>=5.2.4,<5.3.0a0|>=5.2.5,<5.3.0a0|>=5.2.5,<6.0a0|>=5.2.4,<6.0a0|>=5.2.3,<6.0a0']

Package mock conflicts for:
qiime -> mock
mock

Package nose conflicts for:
qiime -> nose
nose


何かが競合していたり、互換性がなくうまくいっていないのは分かるのですが、具体的な解決策がわかりません。

ご助言の程お願いいたします。

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jbpb0

2021/01/12 22:30

参考にされてるWebページでは matplotlib=1.4.3 となってますが
jbpb0

2021/01/12 22:59

https://matplotlib.org/ に「Last release for Python 2 2.2.5」って書いてあるので、 matplotlib=2.2.5 でも大丈夫かもしれません
k-ta_watanabe

2021/01/13 02:08

ご助言ありがとうございます。 初めは、参考HP通りに、 matplotlib=1.4.3 としていたのですが、 Solving environment: failed PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - matplotlib=1.4.3 というエラーが出てしまいました。 現環境が - matplotlib=3.3.2でしたので、変更したら上記エラーが出てしまった、という流れです ご指摘いただいた、matplotlib=2.2.5で試してみましたが、 上記エラーと似た様なエラーが出てしまいました。
k-ta_watanabe

2021/01/13 02:12

ちなみに、参考HP通り、 conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda で進めると、下記の様な結果となります。 ----- Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: failed PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - matplotlib=1.4.3 Current channels: - https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-64 - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch - https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-64 - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64 - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch To search for alternate channels that may provide the conda package you're looking for, navigate to https://anaconda.org and use the search bar at the top of the page. ----- https://anaconda.org でmatplotlib=1.4.3をインストールしても、解決には至っておりません
jbpb0

2021/01/13 02:36 編集

condaで入れられる中で、2.2.3はMac用python 2.7に対応してるようです https://anaconda.org/anaconda/matplotlib/files?version=2.2.3 それを指定してみてください 【追記】上記Webページで、「Version:...」でどれかのバージョンを選んで、表示される「Name」の中に「osx-64」と「py27」を含むのがあれば、そのバージョンはcondaでインストールできるはずです ざっと見たところ、2.xなら大丈夫なようです
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