Mounted folderが認識されない

Question

前提・実現したいこと

Windows10pro・Docker環境下のjupyter notebook上でPyradiomicsというライブラリを使いたいです。

発生している問題・エラーメッセージ

特にエラーメッセージはありませんが、Mounted folderを上手く認証してくれなくて困っています。

該当のソースコード

Windows Powershellでcd ~/Desktop/Radiomicsを実行してから、公式HP（下記抜粋）の通り、下記2行を実行したところ、localhostでjupyter notebookを動かすことは成功しました。
（そのままだと動かなかったので、一番下の行のradiomics/notebookというところはdocker image IDに書き換えました）

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Docker
PyRadiomics also supports Dockers. Currently, 2 dockers are available:

The first one is a Jupyter notebook with PyRadiomics pre-installed with example Notebooks.

To get the Docker:

docker pull radiomics/pyradiomics:latest

The radiomics/notebook Docker has an exposed volume (/data) that can be mapped to the host system directory. For example, to mount the current directory:

docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v pwd:/data radiomics/notebook

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ここで問題があります。
Mounted folderは~/Desktop/Radiomicsであるはずなのですが、/Desktop/Radiomics上にどんなフォルダを置いてもJupyter notebook上で反映されず困っております。
Mounted folderとは全く関係ないフォルダがたくさん見えるのも気になります。

試したこと、補足情報

下記がPyradiomicsのDockerfileになります。
https://hub.docker.com/r/radiomics/pyradiomics/dockerfile

上記Dockerfileに
The user's data will show up as /data
と最後に記載してあったので、Dataというフォルダの下にMounted folderのファイルが反映されるのかと期待したのですが、違いました…

どうしてMounted folderにファイルを置いても反映されないのか、ご教示いただけませんでしょうか。
よろしくお願い申し上げます。

Answer 1

Docker ボリュームはホスト側からのデータをコピーする仕組みではありません。
ボリュームの利用 | Docker ドキュメント
ファイルをコピーしたい場合は docker cp を用いましょう。
cp — Docker-docs-ja 1.9.0b ドキュメント
または完全にディレクトリを同期させたい場合はバインドマウントという方法もあります。
バインドマウントの利用 | Docker ドキュメント

追記：
バインドマウントを使用しておりました、すみません……（いつも見落とす）。

$ docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v `pwd`:/data radiomics/notebook

```pwd:/data`` というところでホスト側のカレントディレクトリとコンテナ側の /dataを結びつけています。また、このディレクトリは/home/jovyan/work/data/dataからシンボリックリンクを張っているので Jupyter 上ですと/work/data/data からアクセスすることが出来ます。/work/data` にある謎のデータはどうやらサンプルデータのようです。

Comments

[M_S_Y]

迅速なご回答ありがとうございます。
コンテナで発生したファイルを保存する役割なのですね、勘違いしておりました。

ただ、Jupyter notebook上の/work/dataというフォルダでipynbファイルを新規生成して保存してもmounted folderには反映されません。どのフォルダに保存すると反映されるかは分かりますでしょうか？

[M_S_Y]

ご回答ありがとうございます。

すみません自分の理解が悪くて確認なのですが、

cd ~/Desktop/Radiomics
docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v pwd:/data (imageID)

を実行すれば、ホスト側のDesktop/RadiomicsとJupyter側の/work/data/dataが同期されるということで宜しいでしょうか？
（因みに、Desktop/Radiomics上にファイルを追加してもJupyter上の/work/data/dataには特に変化が見られません…なぜでしょうか…）

何度も同じようなことばかり聞いてしまい申し訳ございません。
何卒、よろしくお願い申しあげます。

[A_kirisaki]

ああ、Windows なので docker run --rm -it --publish 8888:8888 -v $(pwd):/data (imageID) ですね……多分…… https://qastack.jp/programming/41485217/mount-current-directory-as-a-volume-in-docker-on-windows-10

[M_S_Y]

解決しました！大変お世話になりました。