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CentOS

CentOSは、主にRed Hat Enterprise Linux(RHEL)をベースにした、フリーのソフトウェアオペレーティングシステムです。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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R4.0.3にdevtoolsをインストールしたい

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投稿2020/12/25 03:49

環境
CentOS8 (WSL2)
R 4.0.3 + Rstudio Server

目的
Rパッケージ'devtools'をインストールする。

問題点
以下のようにインストールを試みましたが失敗しました。

Rstudio

1> install.packages('devtools') 2Installing package into ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0’ 3(as ‘lib’ is unspecified) 4also installing the dependencies ‘gert’, ‘usethis’ 5 6trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/gert_1.0.2.tar.gz' 7Content type 'application/x-gzip' length 61324 bytes (59 KB) 8================================================== 9downloaded 59 KB 10 11trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/usethis_2.0.0.tar.gz' 12Content type 'application/x-gzip' length 556740 bytes (543 KB) 13================================================== 14downloaded 543 KB 15 16trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/devtools_2.3.2.tar.gz' 17Content type 'application/x-gzip' length 373387 bytes (364 KB) 18================================================== 19downloaded 364 KB 20 21* installing *source* package ‘gert’ ... 22** package ‘gert’ successfully unpacked and MD5 sums checked 23** using staged installation 24Using PKG_CFLAGS= 25Using PKG_LIBS=-lgit2 26----------------------------- ANTICONF ------------------------------- 27Configuration failed to find libgit2 library. Try installing: 28 * brew: libgit2 (MacOS) 29 * deb: libgit2-dev (Debian, Ubuntu, etc) 30 * rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL) 31If libgit2 is already installed, check that 'pkg-config' is in your 32PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libgit2.pc file. If pkg-config 33is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: 34R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...' 35-------------------------- [ERROR MESSAGE] --------------------------- 36<stdin>:1:10: fatal error: git2.h: No such file or directory 37compilation terminated. 38---------------------------------------------------------------------- 39ERROR: configuration failed for package ‘gert’ 40* removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0/gert’ 41Warning in install.packages : 42 installation of package ‘gert’ had non-zero exit status 43ERROR: dependency ‘gert’ is not available for package ‘usethis’ 44* removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0/usethis’ 45Warning in install.packages : 46 installation of package ‘usethis’ had non-zero exit status 47ERROR: dependency ‘usethis’ is not available for package ‘devtools’ 48* removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.0/devtools’ 49Warning in install.packages : 50 installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status 51 52The downloaded source packages are in 53 ‘/tmp/Rtmpsi97ZD/downloaded_packages’ 54>

試したこと
メッセージにTry installing:rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)とあるので、libgit2-develのインストールを試みましたが失敗しました。

Terminal

1[user@USER ~]$ sudo yum update 2[sudo] password for user: 3Last metadata expiration check: 22:40:41 ago on Thu 24 Dec 2020 01:49:19 PM JST. 4Dependencies resolved. 5Nothing to do. 6Complete! 7[user@USER ~]$ sudo yum install libgit2-devel 8Last metadata expiration check: 22:57:18 ago on Thu 24 Dec 2020 01:49:19 PM JST. 9No match for argument: libgit2-devel 10Error: Unable to find a match: libgit2-devel 11[user@USER ~]$

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ベストアンサー

libgit2-develのインストールを試みましたが失敗しました。

CentOS 7 libgit2-devel-0.26.6-1.el7.x86_64.rpm
の「Install Howto」には yum... と書かれてますが、
CentOS 8 libgit2-devel-0.26.8-2.el8.x86_64.rpm
の方には dnf... と書かれてますので、そちらの方法でインストールしてみたらいかがでしょう

投稿2020/12/25 06:30

jbpb0

総合スコア7489

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回答へのコメント

i113

2020/12/25 07:01

どうも有り難うございます。 dnfでも同様の結果でした。
jbpb0

2020/12/25 07:07

https://beyondjapan.com/blog/2019/12/centos8-dnf/ に、「CentOS8 の yum は dnf のラッパーコマンドのようなものになっていて、 /usr/bin/yum の中でもキーボード入力の処理と dnf のモジュール呼び出ししかしていません。」って書いてありました すでに実質 dnf でやってみた状態だったのですね
jbpb0

2020/12/25 07:14

dnf に --enablerepo=PowerTools を付けて実行しましたよね?
i113

2020/12/25 07:48

つけてみましたが、駄目でした。 [user@USER ~]$ sudo yum install libgit2-devel --enablerepo=PowerTools [sudo] password for user: Loaded plugins: fastestmirror Error getting repository data for PowerTools, repository not found
jbpb0

2020/12/25 07:51

yumじゃなくてdnfに付けてもダメですか?
i113

2020/12/25 07:52

Error: Unknown repo: 'PowerTools'となります。
i113

2020/12/25 09:21

どうも有り難うございます。同様の結果になりました。 Error: Unknown repo: 'powertools'
jbpb0

2020/12/25 10:33

謎ですね http://ftp.riken.jp/Linux/centos/8/PowerTools/x86_64/ の下とか見ると libgit2-devel... があるので、PowerTools を追加できたら解決すると思いますけど https://wiki.centos.org/AdditionalResources/Repositories にも「the PowerTools repository provides most of the developer tools.」って書いてあるので、開発ツール類は基本そこに入ってるみたいなので、追加できないと今後も色々と支障が出るかもしれません
i113

2020/12/25 13:30

どうもありがとうございます。 CentOS自体をアンインストールしてインストールし直したアドバイス通りで成功しました。
jbpb0

2020/12/25 15:23

そんなことあるんですね うまくいったのは、全部小文字ですか?
i113

2020/12/26 10:17

そうです。

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