質問にも出ている通り、様々な利用用途やネットワーク種類により回答は様々となるので、私の経験から一般的と思われる回答を書いてみます。
結論としては一般にホスト名と呼ばれるものは、利用するネットワークに依存する様々の条件で強制される場合があるため「単純にホスト名だけ」をユニークにしておけば、あまり気にする必要ありません。つまり適切なホスト名とは、接続するネットワークの状況によって変わるということです。
通常ホスト名として実質的に自分で自由につけること、または設定出来るのは「単純にホスト名だけ」の部分です。しかしOSや接続するネットワークの条件により、FQDNを強制させられる場合があります。その場合でも、「単純にホスト名だけ」の部分でユニークにしておけば利用上は問題がありません。またある装置を複数の異なったネットワークに接続する場合は、複数の異なった内容の異なった形式のホスト名を求められることがあります。例えばある装置をTCP/IPのほかにXNSという別のLANに接続する場合は Area:Domain:Machine-Name 形式のホスト名が必要になります。これもホスト名ですが、接続するネットワーク先により Area:Domain: の部分は固定です。つまりホスト名は接続するネットワーク種類により「単純にホスト名だけ」でもFQDNでも無い場合があります。
Windowsマシンでは接続先がWorkgroupの場合には、「単純にホスト名だけ」のホスト名が強制されます。しかし同じマシンをActive Directory(ドメイン)に接続したとたんに、FQDN形式のADホスト名が強制されます。ADはDNSではないので、厳密にはFQDNではありません。そしてActive Directoryから離脱すると、再び「単純にホスト名だけ」が強制されます。この様な例は、ネットワークの世界では非常に多くあり、しかもそれら全ては望ましいか不都合ではなく、あるのは強制されるルールだけです。