「incompatible library version」の根本原因・解決策

Question

発生事象

• Rail6にて、rails serverを実行するとincompatible library versionが発生する
• 発生しているgemを解決しても別のgemにて同様の問題が発生する

/Users/MyUser/.rbenv/gems/2.6.0/gems/bootsnap-1.4.5/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:22:in `require': incompatible library version - /Users/MyUser/.rbenv/gems/2.6.0/gems/nokogiri-1.10.10/lib/nokogiri/nokogiri.bundle (LoadError)

/Users/MyUser/.rbenv/gems/2.6.0/gems/bootsnap-1.4.5/lib/bootsnap/load_path_cache/core_ext/kernel_require.rb:22:in `require': incompatible library version - /Users/MyUser/.rbenv/gems/2.6.0/gems/bindex-0.8.1/lib/skiptrace/internal/cruby.bundle (LoadError)

環境

使用している環境は以下の通りです。

		バージョン
OS	macOS	Catalina	10.15.17
管理ツール	Ruby	rbenv	1.1.2
	gem	RubyGems	3.0.3
	Bundler	2.2.2
Ruby	Ruby	global	2.6.3
Rails	Rails	6.0.3

問題発生までの手順

• ※前提として、Railsチュートリアルにならって、作業を行なっています。

1. mkdir environment
2. cd environment
3. rails _6.0.3._ new hello_app
4. cd hello_app
5. 以下のGemfileに置き換え
6. bundle update
7. bundle install
8. bundle exec rails server

試したこと

最初にmsgpackにてincompatible library versionが発生しており、調べていたところ、以下を実行するとの記事があったため、実施しました。
(記事のURLを保存しておくのを忘れました。かなり検索の後のページにあった情報でした)

$ gem install msgpack

そうしましたら、msgpackでは発生しなくなり、別のgemで同様の問題が発生した次第です。

使用しているGemfile

Railsチュートリアルより抜粋

source 'https://rubygems.org'
git_source(:github) { |repo| "https://github.com/#{repo}.git" }

ruby '2.6.3'

# Bundle edge Rails instead: gem 'rails', github: 'rails/rails'
gem 'rails', '~> 6.0.3'
# Use sqlite3 as the database for Active Record
gem 'sqlite3', '~> 1.4'
# Use Puma as the app server
gem 'puma', '~> 3.11'
# Use SCSS for stylesheets
gem 'sass-rails', '~> 5'
# Transpile app-like JavaScript. Read more: https://github.com/rails/webpacker
gem 'webpacker', '~> 4.0'
# Turbolinks makes navigating your web application faster.
# Read more: https://github.com/turbolinks/turbolinks
gem 'turbolinks', '~> 5'
# Build JSON APIs with ease. Read more: https://github.com/rails/jbuilder
gem 'jbuilder', '~> 2.7'
# Use Redis adapter to run Action Cable in production
# gem 'redis', '~> 4.0'
# Use Active Model has_secure_password
# gem 'bcrypt', '~> 3.1.7'

# Use Active Storage variant
# gem 'image_processing', '~> 1.2'

# Reduces boot times through caching; required in config/boot.rb
gem 'bootsnap', '>= 1.4.2', require: false

group :development, :test do
  # Call 'byebug' anywhere in the code to stop execution and get a
  # debugger console
  gem 'byebug', platforms: [:mri, :mingw, :x64_mingw]
end

group :development do
  # Access an interactive console on exception pages or by calling 'console'
  # anywhere in the code.
  gem 'web-console', '>= 3.3.0'
  gem 'listen', '>= 3.0.5', '< 3.2'
  # Spring speeds up development by keeping your application running in the
  # background. Read more: https://github.com/rails/spring
  gem 'spring'
  gem 'spring-watcher-listen', '~> 2.0.0'
end

group :test do
  # Adds support for Capybara system testing and selenium driver
  gem 'capybara', '>= 2.15'
  gem 'selenium-webdriver'
  # Easy installation and use of web drivers to run system tests with browsers
  gem 'webdrivers'
end

# Windows does not include zoneinfo files, so bundle the tzinfo-data gem
gem 'tzinfo-data', platforms: [:mingw, :mswin, :x64_mingw, :jruby]

質問

以下に関して教えていただきたいです。

根本原因はなになのか？

• 調べるとライブラリの互換性の問題とありましたが、gemコマンドにて直接インストールすると解決するのはおかしいのではないのか？
• どこを確認すれば解決策にいたるのか？

上記であげた解決方法だとなぜ問題が解決するのか?

• ひとつひとつ手動でインストールが必要になると何のためのbundlerなのか？

さいごに

どうぞよろしくお願いいたします。

Answer 1

ちょっと回答になっていない部分があったので、質問への回答を追記させていただきます。

根本原因はなになのか？

→gemのcacheだけが存在し、実体が存在しない状態

調べるとライブラリの互換性の問題とありましたが、gemコマンドにて直接インストールすると解決するのはおかしいのではないのか？

実体が存在しないため、gemコマンドにて直接インストールすると解決します。

どこを確認すれば解決策にいたるのか？

% gem environment

にて表示される INSTALLATION DIRECTORY の直下にあるcacheというディレクトリ内には存在するものの、gemsというディレクトリには存在しないgemが原因。そのため、cache内のgemをrm -rf等で削除した上でbundle installすると解決する。

なお、bundle installはおそらく（予想）このcacheからそのインストールしようとしているgemが存在するかどうかを判断しているため、cacheには存在するものの、実体ファイルが存在しない状態だとgemがインストールできない。その場合、明示的にgem install 〜としてインストールしてやると解決。もしくは、gem update --systemというコマンドはcacheからgemの実体を復元するコマンドのため、cacheと本体の差分を埋めることが出来るため、解決。

こちらが回答になります。
経験則のところも多く、公式ドキュメント等の文言ではないので正確性に欠ける部分あるかもしれませんが、よろしくお願いいたします。

Comments

[Hanbe.T]

ご回答いただき、ありがとうございます。
いろいろと確認に手間取り、返信が遅くなってしまい、申し訳ありません。

> INSTALLATION DIRECTORY の直下にあるcacheというディレクトリ内には存在するものの、gemsというディレクトリには存在しないgemが原因

こちらを確認したところ、`cache`にファイルがあり、`gems`にも実体が存在しました。
しかし、内容を確認したところ、使用しているRubyのバージョンとコンパイル時に使用されたRubyのバージョンが異なっていました。

> gem install 〜　でエラーが違うgemのエラーへと変わったことから、実体ファイルを明示してinstallすれば解消されたのだと思います。

こちらも適切なバージョンで再コンパイルされるため、問題が解決してくいくということなのですね。

> 根本原因はなになのか？

これは、「実行しているRubyのバージョンとコンパイルされた際のRubyのバージョンにずれているため、互換性がない」ということかと思います。

前提となる情報が誤っていたため、直接の解決方法ではありませんが、私が知りたかったこと、根本解決に繋がる助言であったことは間違いありません。
本当にありがとうございました。

Answer 2

以下のアドバイスをいただき、実施(確認)した内容です。
https://teratail.com/questions/311371?whotofollow=#reply-436479
※.rbenv/gems/2.6.0配下は正常な状態になってしまっているため、vendor/bundle配下にインストールするようにしました。
※また、事象の再現するために別バージョンにて実施した際に気づいたため、バージョンが提示したものと異なります

1. bundle config set path 'vendor/bundle'
2. rbenv global 2.6.4
3. rbenv install 2.6.5
4. mkdir tmp
5. cd tmp
6. rails _6.0.3_ new app1
7. cd app1
8. rbenv local 2.6.5
9. bundle update※1
10. bundle install
11. cd ..
12. rails _6.0.3_ new app2
13. cd app2
14. rm -rf vendor/bundle
15. bundle update※1
16. bundle install
17. diff app1/vendor/bundle/ruby/2.6.0/gems/msgpack-1.3.3/ext/msgpack/Makefile app2/vendor/bundle/ruby/2.6.0/gems/msgpack-1.3.3/ext/msgpack/Makefile※2

15c15
< topdir = /Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4/include/ruby-2.6.0
---
> topdir = /Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5/include/ruby-2.6.0
17c17
< arch_hdrdir = /Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4/include/ruby-2.6.0/x86_64-darwin19
---
> arch_hdrdir = /Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5/include/ruby-2.6.0/x86_64-darwin19
20c20
< prefix = $(DESTDIR)/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4
---
> prefix = $(DESTDIR)/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5
34,35c34,35
< sitearchdir = $(DESTDIR)./.gem.20201230-73304-1slzs1n
< sitelibdir = $(DESTDIR)./.gem.20201230-73304-1slzs1n
---
> sitearchdir = $(DESTDIR)./.gem.20201230-3975-bfmw85
> sitelibdir = $(DESTDIR)./.gem.20201230-3975-bfmw85
54a55
> runstatedir = $(localstatedir)/run
89c90
< CPPFLAGS = -DHAVE_RUBY_ST_H -DHAVE_ST_H -DHAVE_RB_STR_REPLACE -DHAVE_RB_INTERN_STR -DHAVE_RB_SYM2STR -DHAVE_RB_STR_INTERN -DHAVE_RB_BLOCK_LAMBDA -DHAVE_RB_HASH_DUP -DHAVE_RB_HASH_CLEAR -I/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4/include  -D_XOPEN_SOURCE -D_DARWIN_C_SOURCE -D_DARWIN_UNLIMITED_SELECT -D_REENTRANT $(DEFS) $(cppflags)
---
> CPPFLAGS = -DHAVE_RUBY_ST_H -DHAVE_ST_H -DHAVE_RB_STR_REPLACE -DHAVE_RB_INTERN_STR -DHAVE_RB_SYM2STR -DHAVE_RB_STR_INTERN -DHAVE_RB_BLOCK_LAMBDA -DHAVE_RB_HASH_DUP -DHAVE_RB_HASH_CLEAR -I/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5/include  -D_XOPEN_SOURCE -D_DARWIN_C_SOURCE -D_DARWIN_UNLIMITED_SELECT -D_REENTRANT $(DEFS) $(cppflags)
91,92c92,93
< ldflags  = -L. -L/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4/lib  -fstack-protector-strong -L/usr/local/lib
< dldflags = -L/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.4/lib  -Wl,-undefined,dynamic_lookup -Wl,-multiply_defined,suppress
---
> ldflags  = -L. -L/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5/lib  -fstack-protector-strong -L/usr/local/lib
> dldflags = -L/Users/MyUser/.rbenv/versions/2.6.5/lib  -Wl,-undefined,dynamic_lookup -Wl,-multiply_defined,suppress

※1 GemfileのRubyのバージョンを2.6.5にした後に
※2 binaryファイル間で差分あり

そもそも

そもそもrbenv rehashの実施漏れによってこのような事態になっていました。

Answer 3

gemの内部ファイルで読み込みエラーが生じている可能性が高いです。
おそらく、gemのcacheだけが存在する状況になっており、実体が存在しない状態かと思います。

gem install 〜　でエラーが違うgemのエラーへと変わったことから、実体ファイルを明示してinstallすれば解消されたのだと思います。

少々リスクもあるコマンドのため、自己責任で行っていただきたいですが、以下のコマンドで解消しそうです。

gem update --system

このコマンドはgemのcacheファイルから本体を一括で復元するコマンドです。

つまり、過去updateしたgemが存在する場合、その過去のバージョンも一緒に復元されてしまうのでdeprecation warningが出るようになってしまう可能性もあります。

ただ、今の問題を解決するには一番手っ取り早いと思います。

Answer 4

Gemfileの各行にversion指定がしてありますが、これらは 全てチュートリアルのままですか？
もしくはこのGemfileはどこかのサイトからコピーしたものをそのまま使っていますか。
もしそれでversion問題が起きたらチュートリアル（かcopy元）が間違えていますから、そのサイトにご注進してください。

もしどれかを変えていたら、それが混乱の原因です。

Comments

[Hanbe.T]

回答いただきありがとうございます。
また、返信が遅れ、申し訳ありません。

> Gemfileの各行にversion指定がしてありますが、これらは 全てチュートリアルのままですか？
もしくはこのGemfileはどこかのサイトからコピーしたものをそのまま使っていますか。

本文にリンクを貼っていますので、ご確認いただけると幸いです。

> もしそれでversion問題が起きたらチュートリアル（かcopy元）が間違えていますから、そのサイトにご注進してください。

今回お聞きしたかったのは、手順通りに行い、うまくいかず困っているの**ではなく**、この問題のトラブルシュートの方法が知りたかった次第です。

もちろんご指摘の通りの可能性もありますが、原因を突き止める前にそのような指摘をしても、「(私の)環境が悪いのでは？」と返されてしまう可能性の方がたかいと考えています。

せっかくご回答いただけたのに、申し訳ありません。
もし、他にも情報がありましたら、引き続きよろしくお願いします。