スクリプト言語を使ってバイナリのデータを解析して不要な箇所を削除したい

unpackしないほうが楽そうだったので、readで少しずつ読みながら基本バイナリのままで処理してみました。
エラー処理など細かいところは省略してます。
なお、シークするにはそのままseekという関数があるのでこれでシークできます（以下のコードでは使ってませんが）。

use strict;
{
  open(my $in, "<:raw", $ARGV[0]) or die $!;

  # DCAAまで読み飛ばす
  my $last_4byte;
  read($in,$last_4byte,4); #readの戻り値チェックは省略
  while( $last_4byte ne "DCAA" ){
    # 1byte捨てて1byte読む
    $last_4byte = substr($last_4byte,1);
    if ( read($in,$last_4byte,1,3) < 1 ) {
      die "Not found.";
    }
  }

  # resultとcommand_id、command_idチェック
  my $result;
  my $command_id;
  read($in,$result,2);
  read($in,$command_id,2);
  if ( $command_id ne "\x02\x02" ) {
    die "No JPEG."; #読み飛ばしは省略、後ろで$data捨てれば良い
  }

  # length
  my $length;
  read($in,$length,4);
  my $length_val = unpack("N", $length); # 符号無し4バイト整数、ビッグエンディアン

  # data
  my $data;
  read($in,$data,$length_val);

  #必要なところだけ出力
  open(my $out, ">:raw", $ARGV[1]) or die $!;
  print $out $data;
  close($out);


  #繰り返し省略

  close($in);
}

それから、この部分ですが、

# 16進バイナリ から 文字列 への変換
my @ascii = unpack('H*', $buf);

このコメントは不正確で、正しくはバイナリを16進数文字列に変換します（1バイトが16進数2文字になる）。
要素数は1になるので、後ろのループは1回しか回らないですね。

my $hex_str = unpack('H*', "123");
if ( $hex_str eq "313233" ) {
  print "Match!\n";
}

#これだと各バイトを数値にした配列が得られる
my @bytes = unpack('C*', "123");
if ( $bytes[0] == 0x31 && $bytes[1] == 0x32 && $bytes[2] == 0x33 ) {
  print "Match!\n";
}