ターミナル上で作成したディレクトリがファイルツリーに反映されません(cloud9)

Question

cloud9を使っています。初心者です。
ターミナル上で作成したディレクトリが左側のファイルツリーに反映されません。reflesh file treeを押しても更新されませんでした。
さらに奇妙なことに、ターミナル上でlsコマンドを使うと時間によって、ディレクトリが存在したりしなかったりします。
今はしょうがないので作業はviエディタを使ってファイルを書いています。が、cloud9を再度起動し直すとディレクトリごと消えています。
railsでrails newでアプリを立ち上げても、cloud9を再度起動すると消えています。そこで、またrails newと同名のアプリを立ち上げようとすると、どうやらターミナル上では存在しているようなのですが、再度cloud9を起動すると、ターミナル上でも消えてしまっています。

原因はあまりわかっておりませんが、公開鍵と秘密鍵を作成した時から挙動がおかしくなったと記憶しております。

何が原因かわからないのですが、どなたか原因が分かる方はいらっしゃいますでしょうか。

Answer 1

あれこれ探し回った結果、どうやら、ディスクの空き容量が逼迫していてダウンロードができなかったようです。
容量の使用状況を表示するコマンド
df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
devtmpfs 483M 60K 483M 1% /dev
tmpfs 493M 0 493M 0% /dev/shm
/dev/xvda1 9.8G 9.5G 124M 99% /

よってまずは
sudo du -sh /*
によって容量の大きいディレクトリを探すと、
3.2G /usr
3.3G /var
が見つかり、そこから、他サイトから同じ状況だった方の解決方法を真似て、要らなそうなファイルを消して、無事解決しました。