igraphでplotしたネットワークの重なりをなくしたい

Question

igraphで共起ネットワークを作成しました。
しかし、以下のように要素が重なり合っています。
参考サイトの「5.2ネットワークのレイアウト」を利用してlayoutを変更してみましたが、うまくいきません。どうしたら良いでしょうか。

なにもlayoutを設定してない状態

layout_in_circleの場合

layout_on_sphereの場合

layout_with_frの場合

layout_with_kkの場合

いずれにしてもノードが重なっています。
このノードの重なりをなくし、さらに欲を言えば、エッジの重なりもなるべく減らしたいのですが、どうしたらよろしいでしょうか。
何かわかる方いましたら、教えてください。

試したこと1

保存サイズを変更してもあまり変わりませんでした。

コード
png("plot1.png",width = 1000, height = 1000)  # 描画デバイスを開く
plot(net, vertex.label=V(net)$vocab, vertex.label.family="HiraKakuPro-W3")
dev.off()                                    # 描画デバイスを閉じる

試したこと2

SVGで保存しパワポで編集。
svgで保村する方法
参考サイト
パワポで編集する方法
参考サイト
しかしパワポで編集する労力がパワポでネットワークを作成する労力と同じかそれ以上なので、この方法は採用できなさそうです。

Answer 1

残念ですが、Rに任せる範囲で完璧にレイアウトを整えるのは困難かと思います。
一つの手は、画像をPNGではなくSVGで保存し、パワーポイントで編集することです。
最近のパワーポイントはSVGデータの取り込みができ、これを要素に分解することで部品ごとに位置を変えたりフォントの種類やサイズを変更したりできます。

Comments

[oika77]

回答ありがとうございます。
その方法で確かに調整できそうです。ただエッジが複雑になっていて、これを調整するとなった場合、パワポを使ってネットワークを作った場合と同じかそれ以上の労力なってしまいそうです。
他の方法を探してみます。
また何かありましたら、よろしくお願いいたします。

[KojiDoi]

ノードとエッジの重なりを極力減らしたいということだと、layout_in_circleが一番理想に近いように思います。提示されている図では線の長さに対して円が大きすぎるのでうまくいっていないように見えますが、図を書く前にvirtex.sizeを一律で50%にしてしまうなどすればいい線行きそうな気がします。これでダメな部分だけピンポイントで手修正するわけです。全自動も全手動も現実的ではないと思います。

Answer 2

エッジやノードの大きさを決定する値の範囲があまりにも開すぎていたのが原因でした。
例えば1,2,1,60,100,3,4のようにいきなり100などの大きな値が出てきたためでした。
そこで、それぞれを正規化することで解決いたしました。
ありがとうございました。

Answer 3

layout_in_circleにして、もっと大きい画像として保存してはどうでしょう

png("plot1.png", width = 1000, height = 1000)

Comments

[oika77]

回答ありがとうございます。ただあまり、変わりませんでした。