RstudioでheatmapにColSideColorsを追加したい

前提・実現したいこと

現在使用しているヒートマップのスクリプトにColSideColorsを追加したい

発生している問題・エラーメッセージ

該当のソースコード

ht1 = Heatmap(mat1,
col=f1,
name = "z-score",
show_row_names=FALSE,
rect_gp = gpar(col = "grey60", lwd = 1),
cluster_columns = TRUE,
row_dend_width = unit(1.5, "cm"),
cluster_rows = FALSE,
width = unit(10, "cm"),
column_names_gp = gpar(fontsize = 8),
column_names_side = "top",
ColSideColors = c(rep("purple", 11), rep("orange", 7))
)
で実行すると

Heatmap(mat1, col = f1, name = "z-score", show_row_names = FALSE, でエラー:
使われていない引数 (ColSideColors = c(rep("purple", 11), rep("orange", 7)))
と表記される

試したこと

参照にしたスクリプトの1つである

heatmap(mat1, col=col,
ColSideColors = c(rep("purple", 11), rep("orange", 7)))

ではColSideColorsは実行されるが、
このスクリプトをcol=f1とすると
警告メッセージ:
image.default(1L:nc, 1L:nr, x, xlim = 0.5 + c(0, nc), ylim = 0.5 + で:
与えられた色が数値でも文字列でもありません
と出てしまう。

なお、両スクリプトともに
f1=colorRamp2(c(-2, 0, 2), c("royalblue", "floralwhite", "darkred"))

である

ここにより詳細な情報を記載してください。

行動規範の内容に同意します

回答1件

ベストアンサー

Heatmap関数ではColSideColorsの代わりにtop_annotationを用います

R
1library(circlize)
2library(grid)
3library(ComplexHeatmap)
4f1=colorRamp2(c(0, 4, 8), c("royalblue", "floralwhite", "darkred"))
5f1
6mat1<- t(as.matrix(iris[1:18,1:4]))
7mat1
8df = data.frame(type = c(rep("a", 11), rep("b", 7)))
9ha = HeatmapAnnotation(df = df, col = list(type = c("a" =  "purple", "b" = "orange")))
10ht1 = Heatmap(mat1,
11              col=f1,
12              name = "z-score",
13              show_row_names=FALSE,
14              rect_gp = gpar(col = "grey60", lwd = 1),
15              cluster_columns = TRUE,
16              row_dend_width = unit(1.5, "cm"),
17              cluster_rows = FALSE,
18              width = unit(10, "cm"),
19              column_names_gp = gpar(fontsize = 8),
20              column_names_side = "top",
21              top_annotation = ha)
22ht1