測定時間の最初と最後のデータをそれぞれで抽出する方法

Question

医学研究のデータ整理でRを使用しています。

研究内容としては、
患者に対して処置Aを実施することで、処置前後のバイタルサインに変化があるか。
という内容です。

サンプルデータとして、患者Ａ，患者Ｂに対して処置Ａを行ったデータを添付します（データはエクセルのスクショになっています）
バイタルサインの測定回数が複数回あるので、処置前後の比較ができるのですが、前後のバイタルサインのみ抽出する方法がわからず、
上手く検定をかけられません。

同一の患者での最初のバイタルサインと最後のバイタルサインを抽出する方法があれば、教えてください。
よろしくお願い致します。

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以下、コメント欄の追記

data_merge_sample %>% group_by(patient, procedure, SPO2) -> testmd1
testmd1min <- summarize(testmd1, min(as.character(vital_time)))
View(testmd1min)

minに振り分けると、minだけが振り分けられずすべてが残ってしまいます

Answer 1

1. 患者および処置実施時刻をキーとしてデータフレームをグループ化。
2. それぞれのグループについてバイタルサイン時刻のminとmaxを求める。

# 適当に作ってみたテストデータ
> testdf
  Patient      Treatment        Measure
1       A 2019/1/1 23:30 2019/1/1 23:16
2       A 2019/1/1 23:30 2019/1/1 23:29
3       A 2019/1/1 23:30 2019/1/1 23:38
4       B 2020/1/1 23:30 2020/1/1 23:16
5       B 2020/1/1 23:30 2020/1/1 23:29
6       B 2020/1/1 23:30 2020/1/1 23:38

library(tidyverse)
testdf %>% group_by(Patient, Treatment) -> testdf1
testdf1min <- summarize(testdf1, min(as.character(Measure)))
testdf1max <- summarize(testdf1, max(as.character(Measure)))
df2 <- merge(testdf1min, testdf1max, by=c("Patient","Treatment"))
colnames(df2) <- c("Patient", "Treatment", "First measure", "Last measure")

> df2
  Patient      Treatment  First measure   Last measure
1       A 2019/1/1 23:30 2019/1/1 23:16 2019/1/1 23:38
2       B 2020/1/1 23:30 2020/1/1 23:16 2020/1/1 23:38

参考：dplyr: 高速data.frame処理 - Heavy Watal

Comments

[tyarinosuke]

回答ありがとうございます。
上記のminとmaxにバイタルサインの数字も一緒に入れこむことは可能でしょうか？
応用でやってみましたが、上手くminとmaxに振り分けられません。

よろしくお願い致します。

[KojiDoi]

その「うまく振り分けられない」コードを質問に追記していただけますか。

[tyarinosuke]

> data_merge_sample %>% group_by(patient, procedure, SPO2) -> testmd1

> testmd1min <- summarize(testmd1, min(as.character(vital_time)))
`summarise()` regrouping output by 'patient', 'procedure' (override with `.groups` argument)

> View(testmd1min)

SPO2（バイタルサイン）の情報を追加し、minに分けたとき、最小だけが抽出されず、ほかのデータもそのままになります。

[KojiDoi]

data_merge_sampleの内容も提示できますか？ 数行分で結構です。これらはコメントに追記するのでなく、質問を編集してコードとして追記していただけると助かります。

[tyarinosuke]

data_merege_sampleの内容は、質問内にある表です
バイタルサインをSPO2という表示に変えています。

質問の編集に関して承知いたしました

[KojiDoi]

group_by時にSPO2まで含めてしまってはおかしいでしょう。そうではなくvital_timeでグループ分けしなければならないはずです。
あとはminとmaxをそれぞれ得て、mergeして重複列を取り除けば期待したものになると思います。

[tyarinosuke]

丁寧に教えていただいてるところすみませんが、SPO２を含めての最小と最大にうまく振り分けられないです。。

# 適当に作ってみたテストデータ
テストデータでSPO2の数字を入れこんでやるコマンドをご教授願いたいです。。

[KojiDoi]

問題点を共有できているか自信がありませんが、上記で示したスクリプトで行としてはデータが取り出せているはずなので、これと元データフレームとの間で再度mergeをかければSPO2なるデータも取り込めるのではないでしょうか。

[tyarinosuke]

いろいろ試してみましたが、上手くいきません。。
SPO2でminを追加って最小値を求めても100が表示され、最小値を表示できませんでした。