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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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networkxを利用したグラフで条件に合った頂点を削除する方法

langhtorn

総合スコア105

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2020/10/28 12:49

###実現したいこと
プログラム内で設定したグラフにおいて、「次数が0または次数が1の頂点とその頂点に接続する辺」を削除したい。networkxを使用します。
###問題点
以下のようなエラーがでます。

Traceback (most recent call last): File "kadai06d.py", line 10, in <module> for v in G: RuntimeError: dictionary changed size during iteration

上のエラーを見るとfor v in G:の部分にエラーが出ていますが私が考えるに悪い部分はG_deg=G.remove_node(v)だと思います。これを消したらプログラムが正常に機能したからです。
for内で特定の頂点を消すにはどのようにしたらよいでしょうか。教えてください。
###コード

python

1import networkx as nx 2import matplotlib.pyplot as plt 3G=nx.Graph() 4G.add_nodes_from([1,2,3,4,5,6,7,8,9,10]) 5G.add_edges_from([(1,2),(2,4),(3,2),(4,5),(6,10),(7,6),(8,6),(9,8),(10,8),(1,9),(8,1)]) 6 7#n=G.number_of_nodes() 8#[次数が0の頂点]もしくは[次数が1の頂点とその頂点に接続する辺]を削除する 9for v in G: 10 #print(G.degree(v)) 11 #print("v=",v) 12 G_deg=G.degree(v) 13 if G_deg==0 or G_deg==1: 14 G.remove_node(v) 15 #print("G_deg=",G_deg) 16 17 18#グラフの出力 19nx.draw_networkx(G) 20plt.show()

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「iterate しているオブジェクトを変更することはできない」というエラーです。

先に削除する頂点をリストアップして、Graph.remove_nodes_from() でまとめて削除しましょう。

python

1import networkx as nx 2 3G = nx.Graph() 4G.add_nodes_from([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10]) 5G.add_edges_from( 6 [ 7 (1, 2), 8 (2, 4), 9 (3, 2), 10 (4, 5), 11 (6, 10), 12 (7, 6), 13 (8, 6), 14 (9, 8), 15 (10, 8), 16 (1, 9), 17 (8, 1), 18 ] 19) 20 21nodes_to_remove = [v for v in G if G.degree(v) <= 1] 22G.remove_nodes_from(nodes_to_remove)

イメージ説明

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投稿2020/10/28 12:59

編集2020/10/28 13:00
tiitoi

総合スコア21956

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langhtorn

2020/10/28 14:50

わざわざグラフつきでありがとうございます。やるべきことがよくわかりました。
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