Windowsでコマンドラインから扱えるzipソフトとしては、
7-ZipやLhaplusなどがあるようです。
7-Zipでパスワードをかけるには、
コマンドラインでパスワードを付けるには、「-p」オプションを使います。
"C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" a -pPassWord data.zip data.xlsx
Lhaplusでパスワードをかけるには、
Lhaplusを起動する記述 /c:圧縮形式の拡張子 /o:圧縮ファイルの出力場所 /p:パスワード 対象ファイル名
“C:\Program Files\Lhaplus\Lhaplus.exe” /c:zip /o:C:\data /p:Password .\data.xlsx
のようなオプションで圧縮とともにパスワードがかけられるようです。
@ITの記事には以下のようにあります。(7-Zipでのパスワード付与の説明。)
ZIPファイルにパスワードを付ける (1/2)
暗号化されていない通常のZIPファイルを後から暗号化することはできない
(この場合は、いったん展開してから暗号化ZIPファイルを作り直す)。
ということでいったん解凍して、
圧縮とともにパスワードをかける手順が必要だと思います。
バッドをするには、ログインかつ
こちらの条件を満たす必要があります。