リンク先を通常のAタグではなくJavaScriptのwindow.openで開くことで開いたウィンドウへの参照が取得できるので、window.nameに依存せずに自分が開いたウィンドウにアクセスできるようです。
これを利用すれば開いた後にwindow.nameが変更されても意図したウィンドウでリンク先を開くことができそうです。
理論的には、次のようなJavaScriptで実現できる気がします。
が、実環境で動かしてないので、動かないかもしれません…。
【2016/03/09更新】
ソースを変更しました。よく考えると開いたウィンドウの参照があるので、window.nameが取得できなくても直接window.locationを変更すれば目的とする動作になります。
ブラウザ依存などあるかもしれませんが、FirefoxとChromeでは動作しました。
HTML
1<!doctype html>
2<html>
3<head>
4 <title>sample</title>
5 <script src="https://code.jquery.com/jquery-2.2.1.min.js"></script>
6 <script>
7 $(function() {
8 var windowRef = null;
9 var windowOpen = function(href) {
10 if(windowRef && !windowRef.closed) {
11 windowRef.location = href;
12 } else {
13 windowRef = window.open(href);
14 }
15 return windowRef;
16 };
17
18 var targetWindowOpen = function(e) {
19 e.preventDefault();
20 windowOpen($(this).attr('href'));
21 };
22
23 $('.targetWindowOpen').click(targetWindowOpen);
24 });
25 </script>
26</head>
27<body>
28 <a href="test.html" class="targetWindowOpen">link1</a><br>
29 <a href="https://ja-jp.facebook.com/" class="targetWindowOpen">link2</a><br>
30 <a href="https://www.google.co.jp/" class="targetWindowOpen">link3</a><br>
31</body>
32</html>