前提・実現したいこと
環境
・Ubuntu 20.04.1 LTS (Focal Fossa)
・Python 3.8.2
・sudo apt-get install libfftw3-dev libfftw3-single3
pip install numpy scipy matplotlib ase
pip install cython jupyter scikit-image
git clone https://github.com/jacobjma/PyQSTEM.git
cd pyqstem
python setup.py install
を実行済み
PyQSTEM(https://github.com/jacobjma/PyQSTEM)というコードをpythonで走らせようとしたところ、以下のメッセージがでました。
発生している問題・エラーメッセージ
Unable to init server: Could not connect: Connection refused Unable to init server: Could not connect: Connection refused (test_tem.py:193): Gdk-CRITICAL **: 12:33:03.462: gdk_cursor_new_for_display: assertion 'GDK_IS_DISPLAY (display)' failed
test_temのコードは以下の通りです。
該当のソースコード
python
1from __future__ import print_function 2import numpy as np 3import matplotlib.pyplot as plt 4from pyqstem import PyQSTEM 5from pyqstem.util import atoms_plot 6from ase.lattice.hexagonal import Graphite 7 8directions=[[1,-2,1,0],[2,0,-2,0],[0,0,0,1]] # QSTEM requires a right-angled unit cell 9atoms = Graphite(symbol='C', latticeconstant={'a':2.46,'c':6.70}, directions=directions, size=(2,1,1)) 10 11del atoms[atoms.get_positions()[:,2]<atoms.get_cell()[2,2]/2] # delete the one of the layers in the graphite unit cell 12 13atoms.wrap() 14atoms.center(vacuum=2,axis=2) 15 16qstem = PyQSTEM('TEM') 17qstem.set_atoms(atoms) 18 19v0=300 20 21qstem.build_wave('plane',v0,(100,100)) 22wave=qstem.get_wave() 23 24#wave.view() 25#plt.show() 26 27qstem.build_potential(5) 28 29potential = qstem.get_potential_or_transfunc() 30 31potential.view(method='real') 32plt.show() 33 34qstem.run() 35 36wave = qstem.get_wave() 37 38wave.view() 39plt.show() 40
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
プログラミング初心者のため、色々とググりながら調べてみましたが、結局要因が何なのかわかりませんでした。
宜しくお願い致します。
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