my.cnfの設定について

Question

Mysql Cominity Server 5.7.11にてmy.cnfの設定をしています。
・max_connections = 500
・文字コード：UTF8
・DBファイルシステム領域について(1000M)自動作成をする
・log_timestamps = 'system'
・lower_case_table_names = 2
事をしたいと思います。my.cnfを下記のように設定しました。
ログ時刻は現在の時刻になっているみたいなのですが、最初の1行だけ時刻がずれているのは
何故でしょうか？デーモンユーザで起動しているのでしょうか？
lower_case_table_names = 2にしてもmysqlに反映されません。記述が間違っているのでしょうか？
また、起動ログで注意、エラーが多い気がするのですが、問題ないでしょうか？
必要のない記述があれば教えて下さい。

# For advice on how to change settings please see
# http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/server-configuration-defaults.html
[mysqld]
#
# Remove leading # and set to the amount of RAM for the most important data
# cache in MySQL. Start at 70% of total RAM for dedicated server, else 10%.
# innodb_buffer_pool_size = 128M
#
# Remove leading # to turn on a very important data integrity option: logging
# changes to the binary log between backups.
# log_bin
#
# Remove leading # to set options mainly useful for reporting servers.
# The server defaults are faster for transactions and fast SELECTs.
# Adjust sizes as needed, experiment to find the optimal values.
# join_buffer_size = 128M
# sort_buffer_size = 2M
# read_rnd_buffer_size = 2M
log_timestamps = 'system'
lower_case_table_names = 2
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
character-set-server = utf8
skip-character-set-client-handshake
# --------------------------------------------------
# Network
# --------------------------------------------------
max_connections = 500
# --------------------------------------------------
# Logging
# --------------------------------------------------
general_log=1
general_log_file=/var/log/mysql_query.log
# --------------------------------------------------
# Cache & Memory
# --------------------------------------------------
# Global
thread_cache_size = 30
table_open_cache = 400
query_cache_size = 16M
query_cache_limit = 1M
# Global, Session
max_heap_table_size = 16M
tmp_table_size = 16M
sort_buffer_size = 2M
read_buffer_size = 131072
join_buffer_size = 131072
read_rnd_buffer_size = 262144
# --------------------------------------------------------------------
# InnoDB behavior
# --------------------------------------------------------------------
# Global
innodb_file_format = Barracuda
innodb_write_io_threads = 4
innodb_read_io_threads = 4
innodb_stats_on_metadata = 1
innodb_max_dirty_pages_pct = 90
innodb_adaptive_hash_index = 1
innodb_adaptive_flushing = 1
innodb_strict_mode = 1
innodb_io_capacity = 200
innodb_autoinc_lock_mode = 1
innodb_change_buffering = inserts
innodb_old_blocks_time = 500
# --------------------------------------------------------------------
# InnoDB base
# --------------------------------------------------------------------
# Global
innodb_buffer_pool_size = 256M
innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_data_file_path = ibdata1:1000M:autoextend
innodb_file_per_table = 1
innodb_autoextend_increment = 64M
innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_fast_shutdown = 0
innodb_log_file_size = 64M
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_log_buffer_size = 8M
#innodb_additional_mem_pool_size = 8M
innodb_thread_concurrency = 8
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_force_recovery = 0
innodb_doublewrite = 1
innodb_sync_spin_loops = 20
innodb_thread_sleep_delay = 1000
innodb_commit_concurrency = 0
innodb_concurrency_tickets = 500
# Global, Session
innodb_support_xa = FALSE
innodb_lock_wait_timeout = 50
innodb_table_locks = 1
[client]
default-character-set = utf8
[mysqldump]
default-character-set = utf8
[mysql]
default-character-set = utf8
[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

-----------------/var/log/mysqld.log-------------------

2016-03-08T08:54:41.930740Z mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
2016-03-08T17:54:42.139845+09:00 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2016-03-08T17:54:42.140663+09:00 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.7.11-log) starting as process 21803 ...
2016-03-08T17:54:42.146232+09:00 0 [Warning] option 'innodb-autoextend-increment': unsigned value 67108864 adjusted to 1000
2016-03-08T17:54:42.146718+09:00 0 [Warning] InnoDB: Using innodb_support_xa is deprecated and the parameter may be removed in future releases. Only innodb_support_xa=ON is allowed.
2016-03-08T17:54:42.146740+09:00 0 [Warning] InnoDB: Using innodb_file_format is deprecated and the parameter may be removed in future releases. See http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-file-format.html
2016-03-08T17:54:42.146833+09:00 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2016-03-08T17:54:42.146867+09:00 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2016-03-08T17:54:42.146880+09:00 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2016-03-08T17:54:42.146890+09:00 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __sync_synchronize() is used for memory barrier
2016-03-08T17:54:42.146900+09:00 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2016-03-08T17:54:42.146912+09:00 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2016-03-08T17:54:42.147453+09:00 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2016-03-08T17:54:42.147610+09:00 0 [Note] InnoDB: Not using CPU crc32 instructions
2016-03-08T17:54:42.157075+09:00 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 256M, instances = 1, chunk size = 128M
2016-03-08T17:54:42.180181+09:00 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2016-03-08T17:54:42.184575+09:00 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2016-03-08T17:54:42.197089+09:00 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2016-03-08T17:54:42.223241+09:00 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2016-03-08T17:54:42.223353+09:00 0 [Note] InnoDB: Setting file '/var/lib/mysql/ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2016-03-08T17:54:42.364921+09:00 0 [Note] InnoDB: File '/var/lib/mysql/ibtmp1' size is now 12 MB.
2016-03-08T17:54:42.366681+09:00 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2016-03-08T17:54:42.366707+09:00 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2016-03-08T17:54:42.368574+09:00 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2016-03-08T17:54:42.418823+09:00 0 [Note] InnoDB: 5.7.11 started; log sequence number 1209999
2016-03-08T17:54:42.420939+09:00 0 [Note] InnoDB: Loading buffer pool(s) from /var/lib/mysql/ib_buffer_pool
2016-03-08T17:54:42.421367+09:00 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
2016-03-08T17:54:42.421368+09:00 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 160308 17:54:42
2016-03-08T17:54:42.421969+09:00 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/plugin from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how to resolve the issue.
mysqld: Table 'mysql.plugin' doesn't exist
2016-03-08T17:54:42.422038+09:00 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.
mysqld: File '/var/log/mysql_query.log' not found (Errcode: 13 - Permission denied)
2016-03-08T17:54:42.422293+09:00 0 [ERROR] Could not use /var/log/mysql_query.log for logging (error 13 - Permission denied). Turning logging off for the server process. To turn it on again: fix the cause, then either restart the query logging by using "SET GLOBAL GENERAL_LOG=ON" or restart the MySQL server.
2016-03-08T17:54:42.423054+09:00 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/gtid_executed from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how to resolve the issue.
mysqld: Table 'mysql.gtid_executed' doesn't exist
2016-03-08T17:54:42.423118+09:00 0 [Warning] Gtid table is not ready to be used. Table 'mysql.gtid_executed' cannot be opened.
2016-03-08T17:54:42.423163+09:00 0 [Note] Found ca.pem, server-cert.pem and server-key.pem in data directory. Trying to enable SSL support using them.
2016-03-08T17:54:42.423544+09:00 0 [Warning] CA certificate ca.pem is self signed.
2016-03-08T17:54:42.426320+09:00 0 [Note] Server hostname (bind-address): '*'; port: 3306
2016-03-08T17:54:42.427687+09:00 0 [Note] IPv6 is not available.
2016-03-08T17:54:42.427748+09:00 0 [Note]   - '0.0.0.0' resolves to '0.0.0.0';
2016-03-08T17:54:42.427769+09:00 0 [Note] Server socket created on IP: '0.0.0.0'.
2016-03-08T17:54:42.431671+09:00 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/server_cost from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how to resolve the issue.
2016-03-08T17:54:42.431711+09:00 0 [Warning] Failed to open optimizer cost constant tables

2016-03-08T17:54:42.432742+09:00 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/time_zone_leap_second from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how to resolve the issue.

-----------mysqld.log----

以上、ご教授をお願い致します。

Comments

[dupont_kedama]

引用部分全体を ``` と ``` で囲んでいただくと読みやすいかも。

[CHERRY]

「サービスが開始になりません。 」というのは、設定を変更後どのようなコマンドを実行されたのでしょうか？　エラーメッセージは、何か出ていませんか？

[kumakumatan]

ご返信ありがとうございます。

少し、my.cnfファイルを修正しました。
=======my.cnf================================

# For advice on how to change settings please see
# http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/server-configuration-defaults.html

[mysqld]
#
# Remove leading # and set to the amount of RAM for the most important data
# cache in MySQL. Start at 70% of total RAM for dedicated server, else 10%.
# innodb_buffer_pool_size = 128M
#
# Remove leading # to turn on a very important data integrity option: logging
# changes to the binary log between backups.
# log_bin
#
# Remove leading # to set options mainly useful for reporting servers.
# The server defaults are faster for transactions and fast SELECTs.
# Adjust sizes as needed, experiment to find the optimal values.
# join_buffer_size = 128M
# sort_buffer_size = 2M
# read_rnd_buffer_size = 2M
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock

# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0

character-set-server = utf8
skip-character-set-client-handshake

# --------------------------------------------------
# Network
# --------------------------------------------------

max_connections = 500

# --------------------------------------------------
# Logging
# --------------------------------------------------

general_log=1
general_log_file=/var/log/mysql_query.log

# --------------------------------------------------
# Cache & Memory
# --------------------------------------------------
# Global
thread_cache_size = 30
table_open_cache = 400
query_cache_size = 16M
query_cache_limit = 1M
# Global, Session
max_heap_table_size = 16M
tmp_table_size = 16M
sort_buffer_size = 2M
read_buffer_size = 131072
join_buffer_size = 131072
read_rnd_buffer_size = 262144

# --------------------------------------------------------------------
# InnoDB behavior
# --------------------------------------------------------------------
# Global
innodb_file_format = Barracuda
innodb_write_io_threads = 4
innodb_read_io_threads = 4
innodb_stats_on_metadata = 1
innodb_max_dirty_pages_pct = 90
innodb_adaptive_hash_index = 1
innodb_adaptive_flushing = 1
innodb_strict_mode = 1
innodb_io_capacity = 200
innodb_autoinc_lock_mode = 1
innodb_change_buffering = inserts
innodb_old_blocks_time = 500

# --------------------------------------------------------------------
# InnoDB base
# --------------------------------------------------------------------
# Global
innodb_buffer_pool_size = 256M
innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_data_file_path = ibdata1:1000M:autoextend
innodb_file_per_table = 1
innodb_autoextend_increment = 64M
innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_fast_shutdown = 0
innodb_log_file_size = 64M
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_additional_mem_pool_size = 8M
innodb_thread_concurrency = 8
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_force_recovery = 0
innodb_doublewrite = 1
innodb_sync_spin_loops = 20
innodb_thread_sleep_delay = 1000
innodb_commit_concurrency = 0
innodb_concurrency_tickets = 500
# Global, Session
innodb_support_xa = FALSE
innodb_lock_wait_timeout = 50
innodb_table_locks = 1

[client]
default-character-set = utf8

[mysqldump]
default-character-set = utf8

[mysql]
default-character-set = utf8

[mysqld_safe]

log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
=========my.cnf===============

エラーログは
======mysqld.log=============================
2016-03-07T06:16:14.577629Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2016-03-07T06:16:14.583794Z 0 [Warning] option 'innodb-autoextend-increment': unsigned value 67108864 adjusted to 1000
2016-03-07T06:16:14.584335Z 0 [Warning] InnoDB: Using innodb_support_xa is deprecated and the parameter may be removed in future releases. Only innodb_support_xa=ON is allowed.
2016-03-07T06:16:14.584356Z 0 [Warning] InnoDB: Using innodb_file_format is deprecated and the parameter may be removed in future releases. See http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-file-format.html
16-03-07T06:16:17.142266Z 0 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45790
16-03-07T06:16:17.434115Z 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/plugin from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how to resolve the issue.
mysqld: Table 'mysql.plugin' doesn't exist
2016-03-07T06:16:17.434185Z 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.
2016-03-07T06:16:17.434390Z 0 [ERROR] unknown variable 'innodb_additional_mem_pool_size=8M'
2016-03-07T06:16:17.434407Z 0 [ERROR] Aborting
=========Logを一部抜粋========================

InnoDBの設定を入れてから起動しません。InnoDBの設定を外したら、正常起動できます。

ご回答宜しくお願いします。

[dupont_kedama]

質問文本文を編集して my.conf の内容、エラーの内容それぞれの上下を ``` と ``` で囲んでください。（</>のボタンがその入力支援になっています）

Answer 1

質問文にあわせて回答も編集しました

起動しない原因（推測）

このmy.cnfは前のバージョンで使用していたものでしょうか。
MySQL5.7では設定できないパラメーターが含まれているのが原因かと思われます。

できることならまるごとコピペするのではなく、まっさらな状態から一つ一つMySQL5.7で使えるパラメーターと意味を確認しながらmy.cnfを作ることをお勧めします。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/server-system-variables.html

意地悪せずに答えを書くと「innodb_additional_mem_pool_size」が MySQL5.7.4で削除されており、そのパラメータを消さないとおそらく起動しません。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-parameters.html#sysvar_innodb_additional_mem_pool_size

ちなみにmy.cnfに何も書かなくてもinnodbは（標準の設定値で）使えます。

ログファイルの時刻

ログファイルの時刻の標準はUTCになっています。
my.cnfに
log_timestamps = 'system'
を書けばOSの時刻になります。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/server-system-variables.html#sysvar_log_timestamps

同時接続

以下私の理解での回答です。
「同時接続数」はmax_connectionsで制御するのでコネクションプールだろうと何だろうと共通です。
MySQLの場合はその利用シーン（接続元言語仕様）からコネクションプールせずに接続切断の連続をする方が多い気がします。
Oracle社もそれを承知していて最新版の5.7では接続切断が多くてもコストが低くなるような調整をしています。
MySQLの接続についてのパフォーマンスチューニングはmax_connectionsとthread_cacheについて行う情報が多く見つかるので参考にされるとよいかもしれません。

回答追記20160308

最初の1行だけ時刻がずれている

ずれているのではなく表現が違うだけです。あまり気にするところではないと思います。

lower_case_table_names = 2にしてもmysqlに反映されません

「反映されません」が具体的に何をして何になるのかはわかりませんが、これを設定してもInnoDBではすべて小文字になります。
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/identifier-case-sensitivity.html

起動ログで注意、エラーが多い気がする

推測ですが、旧バージョンのデータを引き継いでますか？そうだとしてmysql_upgradeをしてますか？
これ以外については私からは一つずつ指摘しません。1行ずつ意味を調べてみてください。
無視してよいものとすべきでないものがあります。

innodbは標準の設定値でどのような仕様で使えるのでしょか？

ここのデフォルト値が書いてあります。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/server-system-variables.html

Comments

[kumakumatan]

ご回答ありがとうございます。innodbは標準の設定値でどのような仕様で使えるのでしょか？また、質問文も変更しましたので、お時間のある時にご回答をお願いします。
宜しくお願いします。

[dupont_kedama]

コメントだと読みづらいので回答を編集します。

[kumakumatan]

ご回答ありがとうございます。
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/identifier-case-sensitivity.html
ですが、日本語サイトみたいのがあったりするのでしょうか？
すべて英語で書かれていて、私の頭では理解するのが難しいです。
InnoDBでは、大文字、小文字を区別しないようにするのはできないのでしょうか？
どこにどう設定していいのかわかりません。。
innodbの標準設定値も日本語で書かれているところはあるのでしょうか？
以上、宜しくお願いします。

[dupont_kedama]

MySQL5.7のマニュアルはまだ日本語化されていません。
当該の情報はMySQL5.6のころと大きく変わっていないはずなので、
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/identifier-case-sensitivity.html
を参考にされるとよいと思います。
innodbの標準設定値については5.6と違う点が多いはずですが、意味がわからなくて苦心されているのであれば5.6の日本語マニュアルと見比べながら確認いただくのがよいかと思います。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/server-system-variables.html