文字数をカウントしたい

Question

前提・実現したいこと

下記のテキストファイルのうち，">"を含む行ではない，Mから始まる大文字の文字数(106, 109, 109)を測定したいのですが，以下のエラーが出ました．
文字数の出力にどのように繋げればいいのか，お知恵を貸していただけますと幸いです．宜しくお願いします．

尚，このファイルは約1000行のファイルを縮小・簡略化したものである為，行の指定含め自動化してくれるような完成形の一例を示していただけますと幸いです．宜しくお願いします．

エラー

  File "seq_length.py", line 7
    output_line = '%s\t%i' % \ (seq_record.id, len(seq_record))
                                                              ^
SyntaxError: unexpected character after line continuation character

該当のソースコード

#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
from Bio import SeqIO
import sys
cmdargs = str(sys.argv)
for seq_record in SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "test.fasta"):
    output_line = '%s\t%i' % \ (seq_record.id, len(seq_record))
    print(output_line)

使用ファイル

>sp|A5EVF4|HFQ_DICNV RNA-binding protein Hfq OS=Dichelobacter nodosus (strain VCS1703A) OX=246195 GN=hfq PE=3 SV=1
MSKSQSLQDPYLNALRKERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDAFVILLRNNISQMVYKHAVS
TIVPSRNIHLSREEMGLEDEAGEEISAEYTPNAEGQAEATADPLYD
>sp|B0TZB1|HFQ_FRAP2 RNA-binding protein Hfq OS=Francisella philomiragia subsp. philomiragia (strain ATCC 25017) OX=484022 GN=hfq PE=3 SV=1
MSRISSLQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIVLRNTVNQMVYKHAIS
TIVPAKSVRMVYSSFNPYHQNANDDQDENVDDIHSDELEVQENQENINE
>sp|Q5NH41|HFQ_FRATT RNA-binding protein Hfq OS=Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) OX=177416 GN=hfq PE=3 SV=1
MSRISSLQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIVLRNTVNQMVYKHAIS
TIVPAKSVRMIYNSFNPYHQNSNDEQDENVDDIHSDDLEIQENEGNIHE

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

macOS10.15.4 Python3.7.3 Atom

Comments

[meg_]

> 以下のエラーが出ました．
どれですか？？

[Male_soprano]

返信遅くなり大変失礼致しました．追加しましたのでご確認いただけますと幸いです．

[meg_]

「output_line = '%s\t%i' % \ (seq_record.id, len(seq_record))」の「\」を削除したら、質問のエラー「SyntaxError: unexpected character after line continuation character」は無くなりました。

Answer 1

公式ドキュメントや解説記事等少しでも調べられましたでしょうか。

Package SeqIO
データベースからダウンロードしたファイルを処理する BioPython モジュールSeqIO
使い方が全く違うように思います。

SeqIO.parse(str(sys.argv[1]), "test.fasta")

ここは何をなさりたいのでしょうか、仕様と違います。プログラムの引数として読み込むファイルを指定するのと
test.fasta ファイルを読み込むのが混同されている。仕様としては ファイル名， ファイル形式指定 です。
質問文にもありませんが test.fasta ファイルが例示されているところからこのファイルを読み込むと仮定します。

output_line = '%s\t%i' % \ (seq_record.id, len(seq_record))

これはPythonの範疇ですが何をなさりたいのか？ですがおそらく FASTAのヘッダー<TAB>配列長かと思いますが
これでは動きません。

行の指定含め自動化

の意味がわかりませんが、恐らく行指定するのではなく、行指定せずともファイルの最初から最後まで読み込んでヘッダーと配列長を表示と仮定して進めます

上記でよろしいとすると

from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("test.fasta", "fasta"):
    print("{}¥t{}".format(seq_record.id, len(seq_record)))

でよいかと思います。おまけですがPython3以降では % 構文よりも format を使った方がいいらしいです。