SSH接続確認後、npm install で Host key verification failed.が出る

Question

現在SSHを設定したサーバーからnpm installでmoduleを取得する方法を検証しています。
何度か成功してはいましたが、日にちを開けて再度npm installで取得しようとしたところ、以下のようなエラーが発生してしまいます。

D:\~~~~~~~~>npm install
npm ERR! Error while executing:
npm ERR! C:\Users\UserName\AppData\Local\Programs\Git\cmd\git.EXE ls-remote -h -t ssh://git@~~~~~:00000/root/~~~~~.git
npm ERR!
npm ERR! Host key verification failed.
npm ERR! fatal: Could not read from remote repository.
npm ERR!
npm ERR! Please make sure you have the correct access rights
npm ERR! and the repository exists.
npm ERR!
npm ERR! exited with error code: 128

こちらについて、Host key以外でエラーが発生している可能性はあるのでしょうか？
ログファイルを見たところ、Host key以外でエラーを吐き出している文は
なかったように思います。

試したこと・結果

・「ssh-keygen -R ===@000.000.000.000」を利用してknown_hostからのホスト削除
・SSHキー再作成
・GitbucketへのSSHキーの再設定
・package.jsonの「git+ssh://」部分の再設定
・SSH接続確認（ssh ===@000.000.000.000」→ログイン成功
・git cloneは成功（9/7追加）

いろいろ調べた結果、解決できなかったため質問させていただきます。
よろしくお願いいたします。

9/8追加

接続時のfingerprintに差異が見られることが分かりました。

＜サーバー側＞
0. ssh-keygen -lf C:\ProgramData\ssh\ssh_host_ecdsa_key　　
→256 SHA256:hogehoge111 (ECDSA)

1. ssh-keygen -lf C:\ProgramData\ssh\ssh_host_rsa_key

→2048 SHA256:hogehoge222 (RSA)

＜ユーザー側＞
0. ssh-keygen -lf ~/.ssh/id_rsa.pub
→2048 nyanya111（公開鍵のハッシュ値）

1. ssh -T ===@000.000.000.000

→ECDSA key fingerprint is SHA256:hogehoge111（サーバーのssh_host_ecdsa_key）

1. git clone ～～～

→RSA key fingerprint is SHA256:nyanya222（出所不明）

Comments

[bsdfan]

ssh -R ... ではなく、ssh-keygen -R ... ですよね？
それと ssh://git@~~~~~ はホスト名で、ssh-keygen -R 000.000.000.000 はipアドレスで書いてたりしませんか？
known_hosts では両者は違うものとして扱うはずです。

[OwLN]

ご指摘いただきありがとうございます。
ssh -Rからssh-keygen -Rに修正致しました。
また、known_hostsについても、中を空にした状態で試しておりますが、
どちらにせよnpm installではエラーが出てしまっています。