質問をすることでしか得られない、回答やアドバイスがある。

15分調べてもわからないことは、質問しよう!

新規登録して質問してみよう
ただいま回答率
85.46%
Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

Q&A

0回答

839閲覧

RDkitのBRICSで分解した部分化学構造のうち、出現頻度の高いものを画像で確認したい [Python RDkit]

yyy-

総合スコア4

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

0グッド

0クリップ

投稿2020/08/18 07:35

約16000個の化合物のデータセットを用いて、molオブジェクトからBRICSで部分分解させました。
この16000個の化合物のうち、最も出現頻度の高い部分構造が何かを画像(もしくは何らかの情報でも)で確認したいのですが、方法がわかりません。

以下コードです

from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole from rdkit.Chem import BRICS from collections import Counter cnt = Counter() for mol in df.ROMol: pieces = BRICS.BRICSDecompose(mol) for p in pieces: cnt[p] += 1 len(cnt) #8598個の部分構造が確認できました これをヒストグラムで確認すると import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline edges = range(0,15,1) n, bins, patches = plt.hist(cnt.values(), bins=edges) plt.xlabel('freq of fragment') ほとんどがラベルの1に集中しているのがわかります。

イメージ説明

このラベルの1~9くらいの示す構造自体がそれぞれどんなものかを確認したいのですが、どうしたらいいのかわからなくて困っています。

どなたかご知見がある方がいらっしゃったら、教えていただきたいです。

よろしくお願いします。

気になる質問をクリップする

クリップした質問は、後からいつでもMYページで確認できます。

またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。

バッドをするには、ログインかつ

こちらの条件を満たす必要があります。

guest

あなたの回答

tips

太字

斜体

打ち消し線

見出し

引用テキストの挿入

コードの挿入

リンクの挿入

リストの挿入

番号リストの挿入

表の挿入

水平線の挿入

プレビュー

まだ回答がついていません

会員登録して回答してみよう

アカウントをお持ちの方は

15分調べてもわからないことは
teratailで質問しよう!

ただいまの回答率
85.46%

質問をまとめることで
思考を整理して素早く解決

テンプレート機能で
簡単に質問をまとめる

質問する

関連した質問