なんとなく設定ファイルが、壊れている気がするので、再インストール & 再設定してもいいのであれば、「 ~/.atom 」ディレクトリを削除してから再インストールしてみてください。
まずは、バックアップのつもりで、「 ~/.atom 」ディレクトリをリネームする。
sh
1mv ~/.atom ~/.atom_old
つぎに atom エディタを起動して、設定ファイルを再作成。
これで、普通に使えたりしないでしょうか?
今まで、設定した内容やインストールしたパッケージは、初期化されていますので、インストールや再設定が必要です。
うまく起動できたら 適当なタイミングで、壊れていると思われる設定の「 ~/.atom_old 」ディレクトリは、削除しておいてください。
追記1
OS X(Mac OS X)と思いますので、コマンドの入力手順を記載します。
1.Atom を終了します。
2.Macintosh HD > アプリケーション > ユーティリティ の中に ターミナル( ターミナル.app ) がありますので、ダブルクリックして、起動してください。
3.ターミナルのウィンドウが開きますので、次のコマンドを入力して、atom の設定ファイルの名前を変更します。
sh
1mv ~/.atom ~/.atom_old
4.ターミナルを終了します。
5.Atom を起動します。