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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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Pandasは、PythonでRにおけるデータフレームに似た型を持たせることができるライブラリです。 行列計算の負担が大幅に軽減されるため、Rで行っていた集計作業をPythonでも比較的簡単に行えます。 データ構造を変更したりデータ分析したりするときにも便利です。

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pythonでSPSSでの主成分分析の結果を再現できない

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投稿2020/08/11 19:30

編集2020/08/12 06:08

前提・実現したいこと

SPSSを用いた論文で使われている「成分行列」の意味を調べるために,SPSSで行われた主成分分析(PCA)の実験に対して,pythonで実験結果を再現することを目的としています.

使用データ・実験結果は以下のサイトを参考にしています.

引用テキスト心理データ解析 補足説明(1) 

http://www.f.waseda.jp/oshio.at/edu/data_b/add_folder/daad_01.html

主成分分析の入力データは
![イメージ説明]

出力(再現)したい成分行列は
イメージ説明
となっております.

発生している問題・エラーメッセージ

デバッグモードで確認していますが目的とする成分行列と一致する数値を見つけることができませんでした.
記事によると成分行列は重みとも表記されるらしく,主成分軸の係数の事かと考え出力してみましたが,SPSSの結果と異なります.

該当のソースコード

python

1df = pd.read_csv('spsstest.csv', sep=",", header=0) 2dfs = df.iloc[:, 1:] 3 4#主成分分析 5pca = PCA(n_components=2) 6ss = StandardScaler() 7p = Pipeline([("scaler", ss), ("pca", pca)]) 8feature = p.fit_transform(dfs) 9 10print(pca.components_) 11>[[ 0.43050837 0.40018394 0.38728871 0.40632246 0.40366084 0.42009855] 12 [-0.35381557 -0.38475142 -0.48763768 0.37781142 0.37104552 0.4

試したこと

このコードを用いた主成分分析の結果,累積寄与率は結果が一致していることを確認しています.(そのため,まったく異なる分析をしているというわけではないと考えています.)

よろしくお願いいたします.

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aokikenichi

2020/08/12 09:38

http://cogpsy.educ.kyoto-u.ac.jp/personal/Kusumi/datasem13/masuda2.pdf によると「負荷量」のことを指してますでしょうか 負荷量であれば pca.components_ ですね https://qiita.com/Masahiro_T/items/934d195dfe5adbe822c6 ってそれで違っているのですね。 SPSSは使ったことがないので分からずですが、PCAでこんなに違うわけないですね。 ただ、値の傾向は似ていて(成分2の正負は逆転してますが) 標準化の違い等ではないでしょうか。
退会済みユーザー

退会済みユーザー

2020/08/12 12:55

コード内に dfs_s = ss.fit_transform(dfs) を追加して入力データの標準化を行ってみましたが,結果は同じでした.値の正負の傾向が逆転しているということで,表現されている基底が異なるなどはあり得るのでしょうか.
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ベストアンサー

SPSSの成分行列は固有値の平方根で除算されているらしいことが書籍に書いてありました.
そのため,pythonの固有ベクトルに固有値の平方根を掛け算したところ結果が一致しました.

投稿2020/08/13 08:01

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