新規に学習することが目的だったり、新規に構築するのであればmysqliを使う理由自体が無いのでPDO一択ですが、そうではない場合はケースバイケースです。
PDOが人気の理由とは?も参考になると思います。
追加する部分の条件によって変わるかと思いますが観点としては
- 既存部分の再利用があるか
- フレームワークやORMの利用可能性があるか
- 将来的に管理や開発を他の人が行う可能性があるか
- 将来的にRDBMSをMySQLから他のものに変更する可能性があるか
あたりかなと思います。
それぞれのケースだと以下の様な感じでしょうか。
既存のクラスや関数を使い回す必要や可能性がある。もしくはWordPress等のmysqliを使ったプロダクトがベースになっている場合
選択肢としてはmysqliしかありません
既存のクラスや関数を使い回す必要や可能性が無いが、フレームワークやORMを使う予定がない。他人が触る可能性も今のところない場合
慣れているmysqliが良いでしょう。
将来的にPHPエンジニアとして転職やフリーで活動したいなら給料を貰いながらPDOを勉強するのも悪い選択肢ではありません。
既存のクラスや関数を使い回す必要や可能性が無いが、フレームワークやORMを使う予定がない。他人が触る可能性がある場合
PDOで作っておけば、若干メンテナンス出来る人が増えるかもしれません。
(mysqilでもオブジェクト指向で作っておけばそんなには変わりません。)
既存のクラスや関数を使いまわす必要が無く、フレームワークやORMを使って楽に品質を高めたい場合
PDOを使った方が良いというか、そのフレームワークやORMの制約に従った結果、PDOを使うことになると思います。
将来的にRDBMSをMySQLから他のものに変更する可能性がある場合
PDO一択になります。
(とはいえ、本当にどのRDBMSでも使えるように作るのは大変なので、現実的にはあんまり考える必要は無いと思います)