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Singularity(コンテナ)

Singularity(コンテナ)は、科学・高性能コンピューティング(HPC)環境用に設計されたオープンソースベースのLinuxコンテナソフトウェア。アプリ本体と動作に必要なライブラリ・データをパッケージ化できます。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

Q&A

1回答

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singularity buildで write : no space left on deviceのエラー

taro373

総合スコア189

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投稿2020/07/15 23:54

大きなDockerイメージからsingularity buildを行いましたが、write : no space left on device
のエラーになりました

FATAL: While performing build: conveyor failed to get: Error initializing source oci:/home/tuti/.singularity/cache/oci:e58f37e275377f3cb9beea035beb005c4731361fe76a5dcf94bbeee0c8a3d260: Error initializing source docker-daemon:bordin89/icb:latest: error copying contents to temporary file "/var/tmp/docker-tar081180409": write /var/tmp/docker-tar081180409: no space left on device

こちらを参照すると、環境変数$SINGULARITY_CACHEDIRを指定すればよさようだったので
外付けのHDDを指定しました。が、途中でボリュームの状況を見ると / が使われています。

どのように指定すれば、no space left on deviceを回避できるのでしょうか。

$ SINGULARITY_CACHEDIR=/mnt/HDD1 $ ls $SINGULARITY_CACHEDIR bordin89.tar db $ ls /tools/singularity/bin run-singularity singularity $ export PATH=/tools/singularity/bin:$PATH $ singularity build bordin89.sif docker-daemon://bordin89/icb:latest INFO:   Starting build...
$ date;df -h|grep sd 2020年 7月 16日 木曜日 08:24:49 JST /dev/sda4    915G 741G 174G  81% / /dev/sda2    197M 148M  50M  75% /boot /dev/sda1    200M  12M 189M  6% /boot/efi /dev/sdb1    9.1T 5.0T 4.1T  55% /mnt/HDD1 $ date;df -h|grep sd 2020年 7月 16日 木曜日 08:33:21 JST /dev/sda4    915G 781G 135G  86% / # <--- ここが減っている /dev/sda2    197M 148M  50M  75% /boot /dev/sda1    200M  12M 189M  6% /boot/efi /dev/sdb1    9.1T 5.0T 4.1T  55% /mnt/HDD1

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回答1

0

自己解決といえば自己解決です

/ のパーティションに空きを作りました。テスト環境でしたので、あれこれ削除して
450Gの空きを作ることで、解決しました
ですが、今回のように空き領域を確保できない時にどうすればいいか、
環境変数$SINGULARITY_CACHEDIRの使い方をご存じ方がいらっしゃれば
ご教示ください

投稿2020/07/29 06:26

taro373

総合スコア189

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