エラー「all entries of 'x' must be nonnegative and finite」の解決方法をご教授ください

Question

前提・実現したいこと

Rで「tempR」というパッケージの「get.decluttered」という関数を使用して時系列データのfisherテストを行う際に以下のエラーメッセージが発生しました。

発生している問題・エラーメッセージ

stats::fisher.test(matrix(x, nrow = 2)) でエラー: 
  all entries of 'x' must be nonnegative and finite

該当のソースコード

x <- aggregate(名前[, -c(1:4)], list(samp = 名前$samp, attribute = 名前$attribute), sum)

> x
   time_0s1    time_0s2    time_0s3    time_0s4    time_0s5    time_0s6    time_0s7 
          0           0           0           0           0           0           0 
   time_0s8    time_0s9   time_0s10    time_1s1    time_1s2    time_1s3    time_1s4 
          0           0           0           0           0           0           0 
   time_1s5    time_1s6    time_1s7    time_1s8    time_1s9   time_1s10    time_2s1 
0  0  0  0  0  0  0 
0  0  0  0  0  0  0 
0  1  0  0  0  0  2 
0  1  0  1  1  0  5 
1  2  2  0  2  0  1 
2  0  7  1  2  2  3 
7  0  1  4  0  7  5 
2  3  10 8  0  1  9 
1  8  7  3  6  16 9 
0　　 1　　 8　　 2　　12　　 7　　 3
8　　21　　13　　 0　　 1　　 9　　 2
15　　 8　　 5　　 8　　22　　16　　 0
1　　12　　 2　　17　　10　　 6　　 9
26　　19　　 0　　 2　　14　　 2　　18
11　　 8　　 8　　26　　20　　 0　　 3
16　　 4　　19　　11　　 8　　 8　　28
21　　 0　　 2　　16　　 4　　19　　13
8　　 8　　28　　22　　 0　　 2　　17
5　　20　　13　　 8　　 8　　27　　23
0　　 2　　18　　 6　　22　　15　　10
8　　28　　23　　 0　　 3　　18　　 6
22　　15　　12　　 8　　30　　24　　 0
4　　18　　 6　　22　　15　　14　　 8
31　　24　　 0　　 4　　20　　 7　　22
16　　14　　 9　　30　　24　　 0　　 4
20　　 7　　22　　17　　16　　 8　　30
24　　 0　　 4　　20　　 7　　22　　18
17　　 9　　31　　25　　 0　　 4　　21
7　　22　　18　　17　　 9　　31　　25
0　　 4　　22　　 8　　22　　20　　18
9　　30　　25　　 0　　 4　　23　　 7
23　　21　　18　　 9　　30　　25　　 0
4　　23　　 7　　23　　20　　18　　 9
29　　27　　 0　　 4　　22　　 7　　23
20　　19　　 9　　31　　27　　 1　　 4
22　　 7　　23　　20　　19　　10　　33
26　　 2　　 5　　23　　 7　　23　　22
19　　12　　33　　26　　 1　　 5　　23
5　　24　　22　　19　　11　　34　　25
2　　 5　　22　　 5　　25　　22　　19
11　　33　　25　　 1　　 5　　22　　 5
26　　22　　20　　11　　33　　26　　 2
5　　23　　 5　　25　　22　　20　　11
34　　26　　 2　　 6　　23　　 5　　25
21　　20　　11　　34　　24　　 1　　 5
23　　 5　　25　　21　　20　　11　　35
23　　 2　　 4　　23　　 5　　24　　21
19　　10　　36　　23　　 2　　 4　　22
5　　24　　21　　20　　10　　38　　23
1　　 4　　21　　 5　　24　　20　　19
11　　38　　24　　 2　　 4　　22　　 5
24　　20　　19　　11　　38　　24　　 1
4　　21　　 4　　25　　20　　17　　12
39　　23　　 2　　 4　　20　　 4　　26
20　　17　　12　　38　　23　　 2　　 4
20　　 3　　26　　21　　17　　12　　38
23　　 1　　 4　　20　　 3　　26　　21
18　　12　　38　　22　　 2　　 4　　20
3　　25　　21　　18　　11　　38　　20
2　　 4　　19　　 3　　25　　21　　18
10　　38　　20　　 1　　 4　　17　　 1
26　　21　　18　　12　　37　　20　　 1
4　　18　　 1　　25　　21　　17　　12
37　　20　　 0　　 5　　19　　 1　　25
20　　17　　13　　34　　18　　 2　　 5
20　　 1　　25　　20　　17　　13　　33
18　　 2　　 5　　20　　 1　　23　　20
17　　12　　34　　18　　 1　　 5　　19
1　　23　　21　　16　　12　　32　　18
2　　 5　　18　　 1　　23　　20　　15
12　　34　　17　　 2　　 5　　20　　 1
23　　21　　15　　13　　34　　17　　 1
5　　20　　 1　　23　　21　　15　　10
34　　16　　 2　　 5　　19　　 1　　23
21　　16　　10　　33　　16　　 2　　 4
19　　 1　　24　　22　　14　　11　　33
15　　 1　　 4　　18　　 1　　24　　22
14　　11　　33　　16　　 2　　 4　　17
1　　21　　23　　14　　 8　　33　　16
1　　 4　　17　　 1　　21　　23　　14
9　　33　　16　　 2　　 4　　18　　 1
22　　23　　13　　10　　33　　14　　 2
4　　17　　 1　　23　　23　　13　　10
33　　14　　 1　　 2　　17　　 1　　23
23　　12　　10　　34　　14　　 2　　 2
18　　 1　　23　　23　　12　　10　　34
13　　 2　　 2　　17　　 1　　22　　23
12　　 9　　33　　14　　 1　　 2　　17
1　　21　　22　　12　　 8　　32　　14
2　　 2　　17　　 1　　21　　22　　12
7　　33　　14　　 1　　 2　　16　　 1
21　　22　　12　　 7　　32　　14　　 2
1　　16　　 1　　23　　20　　 9　　 7
32　　13　　 2　　 1　　16　　 0　　23
20　　 9　　 7　　31　　13　　 1　　 1
16　　 0　　23　　18　　 9　　 8　　31
13　　 2　　 1　　15　　 0　　24　　17
9　　 7　　31　　12　　 2　　 1　　16
0　　23　　17　　 9　　 6　　31　　12
1　　 1　　16　　 0　　23　　17　　 8
6　　31　　12　　 2　　 1　　15　　 0
24　　17　　 8　　 7　　30　　11　　 1
1　　15　　 0　　23　　17　　 8　　 7
28　　11　　 2　　 1　　15　　 0　　20
19　　 8　　 5　　28　　10　　 2　　 1
15　　 0　　21　　19　　 7　　 6　　27
10　　 1　　 1　　15　　 0　　21　　19
7　　 7　　27　　10　　 2　　 1　　15
0　　21　　18　　 8　　 7　　27　　 9
2　　 1　　15　　 0　　20　　17　　 8
6　　25　　 8　　 1　　 1　　15　　 0
20　　17　　 7　　 6　　24　　 8　　 2
1　　15　　 0　　22　　15　　 7　　 7
24　　 7　　 2　　 1　　14　　 0　　22
14　　 7　　 5　　24　　 6　　 1　　 2
13　　 0　　23　　14　　 7　　 5　　24
5　　 1　　 2　　13　　 0　　22　　14
7　　 5　　25　　 5　　 0　　 2　　13
0　　21　　14　　 6　　 4　　24　　 5
1　　 2　　14　　 0　　20　　13　　 6
4　　24　　 5　　 1　　 2　　14　　 0
22　　13　　 5　　 5　　22　　 5　　 0
2　　14　　 0　　20　　13　　 5　　 5
21　　 5　　 0　　 2　　14　　 0　　21
13　　 5　　 5　　20　　 6　　 0　　 2
14　　 0　　20　　13　　 5　　 5　　20
6　　 0　　 2　　14　　 0　　20　　12
5　　 4　　19　　 6　　 0　　 2　　14
0　　19　　12　　 4　　 4　　19　　 6
0　　 1　　14　　 0　　17　　11　　 4
3　　19　　 6　　 0　　 1　　14　　 0
16　　11　　 4　　 3　　19　　 5　　 0
1　　14　　 0　　16　　11　　 4　　 4
19　　 3　　 0　　 1　　13　　 0　　15
12　　 4　　 4　　18　　 3　　 0　　 1
13　　 0　　13　　12　　 4　　 3　　18
3　　 0　　 1　　13　　 0　　13　　12
4　　 3　　18　　 3　　 0　　 1　　13
0　　10　　10　　 2　　 1　　17　　 3
0　　 1　　12　　 0　　10　　 8　　 2
0　　16　　 3　　 0　　 1　　12　　 0
 time_100s2  time_100s3  time_100s4  time_100s5  time_100s6  time_100s7  time_100s8 
         12           9           1           3          16           3           0 
 time_100s9 time_100s10 
          1          11 

ご参考までに、以下は「ojtcata」でxを出力した結果（3行目まで）です。
> head(x, 3)
  samp  attribute time_0s time_1s time_2s time_3s time_4s time_5s time_6s time_7s time_8s
1    1 Astringent       0       0       0       0       0       0       2       2       3
2    2 Astringent       0       0       0       0       1       1       2       3       4
3    3 Astringent       0       0       0       0       1       1       1       2       2
  time_9s time_10s time_11s time_12s time_13s time_14s time_15s time_16s time_17s time_18s
1       3        5        4        6        6        6        6        7        7        7
2       3        3        2        2        2        3        3        3        3        3
3       4        3        4        5        6        5        5        7        7        7
  time_19s time_20s
1        9        9
2        5        5
3        7        8



p.1.checked <- x[x$samp == 1, -c(1:2)]
p.1.eval <- length(unique(名前$cons))
p.not1.checked <- aggregate(x[x$samp != 1, -c(1:2)],
                            list(attribute = x$attribute[x$samp != 1]), sum)[, -1]
p.not1.eval <- length(unique(名前$cons)) * (length(unique(名前$samp)) - 1)

# reference lines for contrast products
p.1.refline <- p.not1.checked / p.not1.eval
p.1.refline

# decluttering matrix corresponds to the dimensions of p.1.refline
x <- unlist(p.1.checked)
vector.checked
vector.notchecked <- unlist(p.not1.checked)
vector.notchecked
p.1.declutter <- matrix(get.decluttered(x = unlist(p.1.checked), n.x = p.1.eval,
                                        y = unlist(p.not1.checked), n.y = p.not1.eval),
                        nrow = nrow(p.1.checked))

試したこと

初心者のため何を試したらよいのかわからずパッケージの説明に記載されている例を参考にみてみたのですが、何が例と異なるのかわかりませんでした。

何卒、ご指導お願いいたします。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R 3.6.3
RStudio
を使用しています。どちらも先日インストールしたので最新のバージョンだと思います。
Excelのテキスト(タブ区切り)形式のファイルを読み込んで使用しており、データセットはパッケージの説明に使用されていた例のデータ(「ojtcata」)と同様にセットしました。

Comments

[tetsunosuke]

> 'x' must be nonnegative and finite

とのことなので、xの中身がおかしい（マイナスだったりしている？）ぽいです。
xに入るデータ（データフレームの内容）か、xそのものを出力した内容を貼ってみていただけますか？

ojtcataでは起こらなかったが、実際に試したデータのせいで何かが起きているものと思われます。

[ayaka64]

xを出力した内容を変更いたしました。（文字数の都合上、途中は数値のみにさせていただきました。）
見たところ負の数はない（有：1、無：0のデータを毎秒属性ごとに合計した数が返ってくる式だと認識しており、負の数は出てこないのではないかと考えています）のですが、何を改善すればいいのかご指導いただけますと幸いです。

[tetsunosuke]

なるほどたしかにそうですね。（負の数はない）

ちょっと再現させてみないと調べるのが難しいと思うので可能であれば読み込ませたデータそのものをどこかにアップロードしていただくことはできますか。

いただいたデータを見てみたんですけど21個ずつのレコードになっていると思いきやtime_100s10などが出てきてもともとのヘッダー情報がわからないのと、
その後のコードで
x$sampとか名前$consが出てくるので、元データを見せていただいたほうが良いと思いました。

[ayaka64]

データのURLを補足情報欄に記載しました。
あまり記載したままにしたくないので確認（保存）したらご連絡いただいてもよろしいでしょうか（URLを削除します）。
よろしくお願いいたします。

[tetsunosuke]

今気が付きました
なるほど...あまり公開してもよいようなデータではないのですね。
URLですが、確認したらアクセス権がなく閲覧できない状態でした。
なんかベストな情報の交換方法があればいいのですが...

[tetsunosuke]

ふと思ったのですが、 x$sampとかが存在しないように見えるのですがこのあたりはちゃんとあるのでしょうか？
（もしないとしたら実行時に他のエラーもでているような）

[ayaka64]

データ共有ができておらず、申し訳ありません。分かりづらいかもしれませんが文章でデータセットを説明致します。
[,1] cons 被験者番号(1〜6)
[,2] samp サンプルの品種番号(1〜5)
[,3] sampno 品種内の番号(1〜10)
[,4] attribute 感覚属性(1〜10)
[,5] time_0 (0 or 1)
〜
[,106] time_100 (0 or 1)

[ayaka64]

x$sampが存在しないというのは、samp列が空白ではないかということでしょうか？
samp列に限らず全てのセルは埋まっています…
もしご迷惑でなければメールでならデータを送れると思います。(見ず知らずの者なのでご迷惑なら遠慮なく仰ってください)

[tetsunosuke]

なるほど、元データは106カラムあるデータなんですねー。

time_0s1 〜 time_0s10, time_2s1〜time2s10, ... time_10s10...と思って読んでいたらtime_20sってのが出てきてわけわからん！！！
となってしまいました...。

ちょっと視点を変えると
x = unlist(p.1.checked),
n.x = p.1.eval,
y = unlist(p.not1.checked),
n.y = p.not1.eval

これらのそれぞれの値の内容をチェックしてみたらどうでしょうか？

[ayaka64]

メールアドレスを記載していただきありがとうございます。
コメント削除お願い致します。

[tetsunosuke]

（うわぁ...コメントの削除は申請というプロセスになるのね...これは自分やらかした感

[ayaka64]

そうなのですね…相談者側は編集が可能なので当方が記載しておけば良かったですね。申し訳ありません…

Answer 1

この問題は get.declutterdの内部で呼び出しているstats::fisher.testに渡ったデータがおかしいことが原因のようです。

> get.decluttered
function (x = x, n.x = n.x, y = y, n.y = n.y, alpha = 0.05)
{
    if (any(is.na(x), is.na(y), is.na(n.x), is.na(n.y)))
        return(print("All parameters required"))
    if (length(x) != length(y))
        return(print("Length of x and y must be equal"))
    if (length(n.x) > 1 & length(x) != length(n.x))
        return(print("Length of x and n.x are mismatched"))
    if (length(n.y) > 1 & length(y) != length(n.y))
        return(print("Length of y and n.y are mismatched"))
    tmp <- data.frame(x1 = x, x0 = n.x - x, y1 = y, y0 = n.y -
        y)
    fisher.test2 <- function(x) {
        requireNamespace("stats", quietly = TRUE)
        return(stats::fisher.test(matrix(x, nrow = 2))$p)
    }
    declutter = 1 * (apply(tmp, 1, fisher.test2) < alpha)
    declutter[declutter == 0] <- NA
    return(declutter = declutter)
}

このように、get.declutteredのソースコードを確認し、
別途

myGetDecluttered <- function (x = x, n.x = n.x, y = y, n.y = n.y, alpha = 0.05)
{
    if (any(is.na(x), is.na(y), is.na(n.x), is.na(n.y)))
        return(print("All parameters required"))
    if (length(x) != length(y))
        return(print("Length of x and y must be equal"))
    if (length(n.x) > 1 & length(x) != length(n.x))
        return(print("Length of x and n.x are mismatched"))
    if (length(n.y) > 1 & length(y) != length(n.y))
        return(print("Length of y and n.y are mismatched"))
    tmp <- data.frame(x1 = x, x0 = n.x - x, y1 = y, y0 = n.y -
        y)
    fisher.test2 <- function(x) {
        requireNamespace("stats", quietly = TRUE)
        print(x)
        return(stats::fisher.test(matrix(x, nrow = 2))$p)
    }
    declutter = 1 * (apply(tmp, 1, fisher.test2) < alpha)
    declutter[declutter == 0] <- NA
    return(declutter = declutter)
}

として呼び出すことで、fisher.testに渡っている内容のどこに問題があるかがわかります。
マイナスの値になっていそうということで、n.x - xがマイナスになっている、つまりn.x、呼び出し元で言う p.1.eval の算出あたりに問題がある、ということになると思います。

Comments

[ayaka64]

丁寧にご回答いただきありがとうございます。