Ruby on Railsのローカル開発環境で "bundle install" が成功したのにもかかわらずGemが読み込めない。(Could not find nokogiri-1.8.5 in )

困っていること

Ruby on Railsの既存アプリをcloneしてきて、Macbook Airのローカル環境でVScodeを使って開発を進めようとしているのですが、rails db,rails sなどをのrailsコマンドを叩くとbundle installが成功しているのにも関わらず、

Could not find nokogiri-1.8.5 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

というエラーが出てしまい、この先に進めません。

Gemの読み込みpathとかが関係あるのかな？と思って色々pathとか,gemのインストール先を変えて試しているのですが、うまくいきません。助けてください。

rbenvとかがちょっとよくわからない時にrbenvの設定をしたのでpathの設定のしかたなど間違えてるかもしれませんが。。。

試したこと

% gem env
RubyGems Environment:
  - RUBYGEMS VERSION: 3.0.3
  - RUBY VERSION: 2.6.3 (2019-04-16 patchlevel 62) [x86_64-darwin19]
  - INSTALLATION DIRECTORY: /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/lib/ruby/gems/2.6.0
  - USER INSTALLATION DIRECTORY: /Users/y.nakata/.gem/ruby/2.6.0
  - RUBY EXECUTABLE: /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/bin/ruby
  - GIT EXECUTABLE: /usr/bin/git
  - EXECUTABLE DIRECTORY: /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/bin
  - SPEC CACHE DIRECTORY: /Users/y.nakata/.gem/specs
  - SYSTEM CONFIGURATION DIRECTORY: /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/etc
  - RUBYGEMS PLATFORMS:
    - ruby
    - x86_64-darwin-19
  - GEM PATHS:
     - /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/lib/ruby/gems/2.6.0
     - /Users/y.nakata/Desktop/PJS/pj_name/vendor/bundle/gems
  - GEM CONFIGURATION:
     - :update_sources => true
     - :verbose => true
     - :backtrace => false
     - :bulk_threshold => 1000
  - REMOTE SOURCES:
     - https://rubygems.org/
  - SHELL PATH:
     - /Users/y.nakata/.rbenv/versions/2.6.3/bin
     - /Users/y.nakata/.rbenv/libexec
     - /Users/y.nakata/.rbenv/plugins/ruby-build/bin
     - /usr/local/opt/openssl@1.1/bin
     - /usr/local/opt/mysql@5.7/bin
     - /usr/local/opt/libiconv/bin
     - /usr/local/opt/libxslt/bin
     - /usr/local/opt/libiconv/bin
     - /Users/y.nakata/.rbenv/shims
     - /Users/y.nakata/.rbenv/bin
     - /usr/local/Cellar/pyenv-virtualenv/1.1.5/shims
     - /Users/y.nakata/.pyenv/shims
     - /Users/y.nakata/.pyenv/bin
     - /Users/y.nakata/google-cloud-sdk/bin
     - /Users/y.nakata/.pyenv/shims
     - /Users/y.nakata/.pyenv/bin
     - /usr/local/bin
     - /usr/bin
     - /bin
     - /usr/sbin
     - /sbin
     - /Library/Apple/usr/bin
     - /usr/local/opt/openssl@1.1/bin
     - /usr/local/opt/mysql@5.7/bin
     - /usr/local/opt/libiconv/bin
     - /usr/local/opt/libxslt/bin
     - /Users/y.nakata/.rbenv/shims
     - /Users/y.nakata/.rbenv/bin
     - /usr/local/Cellar/pyenv-virtualenv/1.1.5/shims
     - /Users/y.nakata/.pyenv/shims
     - /Users/y.nakata/.pyenv/bin
     - /Users/y.nakata/google-cloud-sdk/bin
     - /Users/y.nakata/opt/anaconda3/bin
     - /Users/y.nakata/opt/anaconda3/condabin
     - /Users/y.nakata/flutter/bin

bundle install:

% bundle install --path /Users/y.nakata/Desktop/PJS/pj_name/vendor/bundle/gems
（省略）
Using swagger_ui_engine 1.1.2
Using thinreports 0.10.3
Using timecop 0.9.1
Using timeliness 0.3.8
Using uglifier 4.1.20
Using validates_timeliness 4.0.2
Using wareki 0.4.1
Using whenever 0.10.0
Using whiny_validation 1.0
Bundle complete! 96 Gemfile dependencies, 428 gems now installed.
Bundled gems are installed into `./vendor/bundle/gems`

環境

Ruby: 2.6.3
Rails: 5.2.0
IDE: VScode
PC: Macbook Air
DB: localhost MySQL

Ruby:

% ruby -v
ruby 2.6.3p62 (2019-04-16 revision 67580) [x86_64-darwin19]

rbenv:

% rbenv version
2.6.3 (set by /Users/y.nakata/Desktop/PJS/pj_name/.ruby-version)

% rbenv versions
  system
  2.6.0
* 2.6.3 (set by /Users/y.nakata/Desktop/PJS/pj_name/.ruby-version)

rails:

% rails -v
Could not find nokogiri-1.8.5 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

発生している問題・エラーメッセージ

base) user % rails db
Could not find nokogiri-1.8.5 in any of the sources
Run `bundle install` to install missing gems.

該当のソースコード

Gemfile

Gemfile
1source 'https://rubygems.org'
2
3# gem 'rails', github: 'rails/rails'
4gem 'rails', '~> 5.2.0'
5gem 'bootsnap'
6gem 'puma'
7
8gem 'browserify-rails'
9gem 'coffee-rails', '~> 4.2'
10gem 'sass-rails'
11gem 'uglifier', '>= 1.3.0'
12
13gem 'mysql2'
14gem 'ruby-mysql'
15
16group :development, :test do
17  gem 'byebug', platform: :mri
18  gem 'faker' # for seeds
19  gem 'gimei' # for seeds
20  gem 'letter_opener_web'
21  gem 'rails-controller-testing'
22  gem 'rubocop'
23  gem 'slim_lint'
24  gem 'timecop'
25
26  gem 'guard'
27  gem 'guard-minitest'
28  gem 'guard-rubocop'
29  gem 'minitest-ar-assertions', require: 'minitest_activerecord_assertions'
30  gem 'minitest-power_assert'
31  gem 'minitest-stub_any_instance'
32end
33
34group :development do
35  # debug
36  gem 'better_errors'
37  gem 'binding_of_caller'
38  gem 'bullet'
39  gem 'i18n-debug'
40  gem 'listen', '>= 3.0.5'
41  gem 'rack-mini-profiler', require: false
42  gem 'spring'
43  gem 'spring-watcher-listen', '~> 2.0.0'
44
45  # commands
46  gem 'brakeman'
47  gem 'bundler-audit'
48  gem 'html2slim'
49  gem 'i18n_generators'
50  gem 'license_finder'
51  gem 'rails_best_practices'
52  gem 'rubycritic' # static codes analytics
53
54  # engines
55  gem 'rails_admin' # data viewer and
56  gem 'rails_admin-i18n'
57  gem 'swagger_ui_engine' # API viewr
58end
59
60# 本番リリーズの際には、developmentのみ読み込むように設定を直す
61gem 'rails_db' # DB viewer and Sql executor
62gem 'whiny_validation' # Validation Errorをログ出力
63# ここまで
64
65# engines
66gem 'action_policy'
67gem 'devise'
68gem 'devise-encryptable'
69
70gem 'activerecord-session_store'
71
72# api
73gem 'faraday'
74gem 'faraday_middleware'
75gem 'grape'
76gem 'grape-entity' # format json
77gem 'grape-swagger'
78gem 'grape-swagger-entity'
79
80# model
81gem 'activerecord-import' # data import
82gem 'activerecord-userstamp', path: './vendor/gem-local'
83gem 'acts_as_list'
84gem 'by_star' # 日付分析関連の便利scope群
85gem 'carrierwave' # 画像
86gem 'draper'
87gem 'enum_help'
88gem 'fog-aws' # For Carrierwave(S3用)
89gem 'paper_trail'
90gem 'paranoia', '~> 2.2'
91gem 'validates_timeliness' # 日付のValidation
92gem 'wareki' # 和暦を西暦に変更
93# gem 'composite_primary_keys'
94
95# view
96gem 'cells'
97gem 'cells-rails'
98gem 'cells-slim'
99gem 'cocoon'
100gem 'kaminari'
101gem 'ransack'
102gem 'redcarpet'
103gem 'simple_form'
104gem 'slim'
105gem 'slim-rails'
106gem 'rails_autolink'
107
108# UI
109#gem 'bootstrap-sass', '>= 3.3.7'
110gem 'font-awesome-rails'
111
112# configuration
113gem 'config'
114gem 'dotenv-rails'
115gem 'seed_dump'
116gem 'seedbank'
117
118# util
119gem 'business_time'
120gem 'geoip'
121gem 'hashie'
122
123# controller
124gem 'responders' # configure default flashes and 'respond_to'
125
126# cron
127gem 'whenever', require: false
128
129# AWS
130gem 'aws-sdk-rails'
131
132# db
133gem 'ridgepole', '>= 0.7.2'
134# gem 'activerecord-mysql-awesome' # TODO: gem compatibility
135
136# pdf
137gem 'aws-sdk'
138gem 'thinreports'
139
140# lon_lat
141gem 'mechanize'
142gem 'nokogiri', '1.8.5'
143
144# monitering
145gem 'sentry-raven'
146gem 'stackprof'
147gem "memory_profiler"
148gem "derailed_benchmarks"
149

(installed) gem list

% gem list

*** LOCAL GEMS ***

bigdecimal (default: 1.4.1)
bundler (2.1.4, default: 1.17.2)
cmath (default: 1.0.0)
csv (default: 3.0.9)
date (default: 2.0.0)
dbm (default: 1.0.0)
did_you_mean (1.3.0)
e2mmap (default: 0.1.0)
etc (default: 1.0.1)
fcntl (default: 1.0.0)
fiddle (default: 1.0.0)
fileutils (default: 1.1.0)
forwardable (default: 1.2.0)
gdbm (default: 2.0.0)
io-console (default: 0.4.7)
ipaddr (default: 1.2.2)
irb (default: 1.0.0)
json (default: 2.1.0)
logger (default: 1.3.0)
matrix (default: 0.1.0)
mini_portile2 (2.4.0)
minitest (5.11.3)
mutex_m (default: 0.1.0)
mysql2 (0.5.2)
net-telnet (0.2.0)
nokogiri (1.10.10)
openssl (default: 2.1.2)
ostruct (default: 0.1.0)
power_assert (1.1.3)
prime (default: 0.1.0)
psych (default: 3.1.0)
rake (12.3.2)
rdoc (default: 6.1.0)
rexml (default: 3.1.9)
rss (default: 0.2.7)
scanf (default: 1.0.0)
sdbm (default: 1.0.0)
shell (default: 0.7)
stringio (default: 0.0.2)
strscan (default: 1.0.0)
sync (default: 0.5.0)
test-unit (3.2.9)
thwait (default: 0.1.0)
tracer (default: 0.1.0)
webrick (default: 1.4.2)
xmlrpc (0.3.0)
zlib (default: 1.0.0)

追記

taich730さんからのコメントでnokogiriのバージョンが違うとのご指摘がありましたので、一度gem uninstall nokogiriを行ってからgem install nokogiri -v 1.8.5で$ gem list内に下記のように1.8.5のnokogiriが追加されましたが、それでもrails dbときにCould not find nokogiri-1.8.5 in any of the sourcesのエラーが出ます。

調べたところ$LOAD_PATHがrailsコマンドを実行した時のgemを見に行くpathのようなのですが、変更の仕方、本当にここなのかがわかりません。。

minitest (5.11.3)
mutex_m (default: 0.1.0)
mysql2 (0.5.2)
net-telnet (0.2.0)
nokogiri (1.8.5)
openssl (default: 2.1.2)
ostruct (default: 0.1.0)

taichi730

2020/07/11 13:47

Gemfile 上で指定されているバージョンの nokogiri はインストールされていないようですが。

YukiNakata

2020/07/11 15:11

回答ありがとうございます。 Gemfileから一度nokogiriをコメントアウトして再度bundle installをしたところ、なぜか反映されずnokogiriが残ったままだったので、一度gem uninstall nokogiriを行ってから再度、コメントアウトを外してbundle installしました。その結果、なぜか、nokogiriがインストールされなかったのでrialsコマンドを打ったときにインストールするpathとrailsがgemをみに行っているpathが違うような気がするのですが、いまいちわかりません。。。調べたところrails起動時に$LOAD_PATHというところをみに行っているみたいなのですが、この$LOAD_PATHを変更する必要があるのかなど、ご存知でしょうか？m