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Rで生存率解析(log-rank検定)をする際のp値の有効数字の桁数を変更したいです

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pickle

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Rを使用して生存率解析(log-rank検定)を行っています。
その際に出てくるp値の有効数字が1桁になってしまっている様で、それを3桁程度に変更したいと考えています。

書いたcodeは以下の様になっており、設定はdefaultからいじっていません。参考にしたページと同じデータを用いて実験したのですが、参考ページではp=0.033と出ていたところこちらではp=0.03と有効数字1桁に丸められてしまっています。

survdiff(Surv(time,event) ~ cancer, rho=0, data=Datafile)
# cancerの有無でlog-rank検定をしてます
# 大元の"Datafile"にtime(観察期間),event(1:死亡、0:生存/lost)が格納されています

調べたところformmat.pvalというoptionで変更できるのかと思ったのですが、こちらもlog-rankをする際に適用させることがうまくできなさそうです。。。
お分かりになる方がいらっしゃいましたらご教授のほどよろしくお願い申し上げます。

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回答 1

checkベストアンサー

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result$chisqでカイ二乗値を取り出して、pchisqでp-valueに変換

result <- survdiff(Surv(time,event) ~ cancer, rho=0, data=Datafile)
pchisq(result$chisq, 1, lower.tail=FALSE) #自由度1

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  • 2020/07/06 17:29

    > shimikenさん
    お早いご回答ありがとうございます。ご教授頂いた通りにcodeを実行したところ、有効数字4位で結果が返ってきました。ありがとうございます!
    ちなみにdefaultでp-valueの有効数字(または全体の有効数字)の桁数を変更することはできませんでしょうか?
    ご存知でしたら合わせてご教授頂けますと大変助かります。

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  • 2020/07/06 17:46

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  • 2020/07/06 19:18

    > shimikenさん
    ご回答ありがとうございます。最初の段階でoptions(digits=10)と設定することで上の様に間を経ることなく直接出すことができました。誠にありがとうございました。今後とも何卒よろしくお願いいたします。

    キャンセル

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