質問のスキーマ群について
表示されていない3つのスキーマは「メタデータ」扱いで、通常のデータベースではなく設定やパフォーマンスデータをあたかも表形式で表示できるようにしている仮想スキーマみたいなものです。
Workbenchではパフォーマンスダッシュボード等メタデータを可視化できるツールが存在するので基本的にこれらのスキーマを直接閲覧することがないのであらかじめ非表示になっています。
表示方法
※私はWorkbench使っていないので現バージョンで確認は取れていません。
他所ですが同様の質問があります。
Why isn't INFORMATION_SCHEMA not displayed in the MySQL Workbench UI by default?
Edit -> Preferences -> SQL Editor and then check the box "Show Metadata and Internal Schemas"
Click on Refresh icon on the right side of Schemas in the left side bar.
プリファレンスにメタデータを表示する旨のスイッチがあるようなので探してONにしてみてください。
余談
mysql.db
テーブルはデータベーススキーマの一覧ではなくデータベースとユーザごとに紐づく権限を表示するテーブルです。必ずしも全てのデータベーススキーマが表示されるとは限りません。
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2020/07/01 23:55