virtualenvで作成した仮想環境をjupyter notebookで利用する際に，モジュールのパスを通したい．

Question

MacOSにおいて，jupyter notebookでpythonを利用する際に，virtualenvで作成した仮想環境のカーネル上でも問題です．
仮想環境で使用するモジュールを使用したいため，以下のパスを通したいのですが，うまく行きません．

~/.pyenv/versions/3.7.7/lib/python3.7/site-packages

複数の仮想環境で共通したモジュールを使用したいため，全ての仮想環境へ上記のパスを通しモジュールを使用できるようにしたいのが目的です．
jupyter上で

import sys
sys.path

でパスを確認すると作成した仮想環境下のsite-packagesにしかパスが通っていません．
そこで.barchrcファイルに

export PYTHONPATH="/Users/hogehoge/.pyenv/versions/3.7.7/lib/python3.7/site-packages:$PYTHONPATH"

とpythonパスの設定をしたところ，ターミナル上で仮想環境のパスをチェックするとそこではパスが通っているにも関わらす，jupyter上ではパスが通っておらず困っています．

jupyter上でも同様にパスを通す方法があれば教えていただきたいです．

Answer 1

とpythonパスの設定をしたところ，ターミナル上で仮想環境のパスをチェックするとそこではパスが通っているにも関わらす，jupyter上ではパスが通っておらず

jupyterを起動した時の環境変数の影響を受けてしまうなら、jupyter上でカーネルを選ぶ時そのカーネルがjupterを動かしているPython環境から独立していないということになってしまいます。それでは大変困りますから正しい動作でしょう。

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https://virtualenv.pypa.io/en/stable/cli_interface.html#system-site-packages

give the virtual environment access to the system site-packages dir

--system-site-packagesオプションを使って

virtualenv  --system-site-packages envname

として、システム(=virtualenvコマンドに紐付いている環境)のsite-packagesにアクセス可能な仮想環境を作るのが本筋かと思います。

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こんな感じでjupyterに仮想環境を反映したカーネルを追加するといいと思います。

source envname/bin/activate
python -m ipykernel install --user --name=envname

"jupyter カーネル 追加"あたりで検索するといいかと思います。

Comments

[kandaaa]

ご回答ありがとうございます．
もともと，そのような状態が正しいということですね．

提示していただいた方法で新たに作成した仮想環境でパスを通すことには成功したのですが，今後は仮想環境ないのsite-packagesへのパスがなくなってしまいました．
これらは独立しているため併用ができない状態なのでしょうか？

理想としては一定のモジュールは全ての仮想環境で読み込める状態にし，他のモジュールは必要に応じて仮想環境ないのsite-packagesから読めるようにしたいです．

まだpythonを扱い始めたばかりでわからいことが多く頓珍漢なことを言っていたら申し訳ないです．教えていただけると助かります．

[kandaaa]

すみません，質問の仕方が悪かったです．
もともとの時点でjupyterへ仮想環境のカーネルをすでに追加しており，その状態での質問でした．
新たに提示していただいたコマンドでjupyter上にカーネルを追加が完了すると，　システムのsite-packegesにパスが通っていなくて困っていました．
そこで，最初に回答していただた方法で仮想環境を作成し，それを新たにjupyter上でカーネル追加したところ，今度は仮想環境上のsite-packagesにパスが通っておらず追加で質問している，といった状況です．

整理すると現状は，
提示していただいた方法で仮想環境を構築．
追加で提示していただいた方法でjupyterに仮想環境のカーネル追加．
jupyterに追加したカーネルで，仮想環境のsite-pavkegesへパスが通っていない．
という状況です，

[quickquip]

再現しないのでなんとも……
source envname/bin/activate
python -c 'import sys; print(sys.path)'
が大丈夫(=envname配下のsite-packagesも、もとのsite-packagesも含まれている)で
jupyter kernelspec list
で見える設定ディレクトリの下の kernel.json が envname/bin/python3 を指してるなら問題ないと思うんですが。

[kandaaa]

上記の3つのうち，2つめに問題がある状況です．
ターミナル上では問題なく
python -c 'import sys; print(sys.path)'
は両方のsite-packagesが含まれていますが，
jupyterを起動してjupyter上でカーネルとenvnameにしてsys.pathを確認するとenvnameのsite-packagesが消えてしまう．といった感じです...

[quickquip]

source activate してないターミナルで、直接
envname/bin/python
を起動してsys.pathを調べたらどうなるでしょう?
# 対策は思いつかないので状況確認だけになりますが

[kandaaa]

その状態ではenvname下のsite-packagesももとのも両方は含まれています...

[quickquip]

jupyterから
import sys,site
print(site.PREFIXES)
print(sys.executable)
した結果などはどうでしょう。envnameが反映されているのでしょうか

[kandaaa]

すみません，なぜかPC再起動した上で実行してみたら，問題が解決しました...!
どこに問題があったのかわからないのがモヤモヤしますね...

そちらの結果は
print(site.PREFIXES)
が，仮想環境ともとのpythonのディレクトリが表示され（もとの方はなぜか同じ
ディレクトリが2回），
print(sys.executable)
は仮想環境下のpythonディレクトリでした．