自分的にはサーバーを3つ(Webサーバー、APサーバー、DBサーバー)用意して、
Webサーバーでアプリケーション層のみを実装したWebアプリケーションを稼働させ、ApサーバーでWebApiを稼働させ、
DBサーバーでDBを稼働させるが正しいと思うのですが、どうでしょう?
追記
下記のサイトを見て、Web3層構造の場合はクライアントからのリクエストへのレスポンスをWebサーバーが担い、動的処理はAPサーバーが担い、DBが稼働するのがDBサーバーだと思いました。
クライアント→Webサーバー→APサーバー→DBサーバー
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ソフトウェアのアーキテクチャがレイヤードアーキテクチャ場合、アプリケーション層がクライアントからのリクエストへレスポンスするのでアプリケーション層のみを実装したWebアプリケーションを稼働させ、WebApiがAPサーバーで稼働していればDBサーバーへのアクセスと動的処理が可能だと思いました。それが正しいと思う根拠です。
それ以外が間違っていると思う根拠はありません。
https://hnavi.co.jp/knowledge/blog/web-application-server/
http://nari104.hatenablog.jp/entry/2016/06/05/000004
https://thinkit.co.jp/article/11837
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