bitbucket-pipelinesで.rubocop.ymlを適用したい

#やりたいこと
タイトルの通りですが、bitbucketにプッシュ時、bitbucket-pipelines.ymlに記載したコマンドが動きます。
その際に.rubocop.ymlに記載した設定が無視され、Excludeしたファイルまでチェックされてしまいます。
bitbucketへプッシュ時に設定ファイルの内容を反映する方法を知りたいです。
またターミナルでrubocopコマンドを実行時は.rubocop.ymlの内容が反映されます。

#bitbucket-pipelines.yml

definitions:
    caches:
        bundler: vendor/bundle

pipelines:
    branches:
        hotfix/*:
            - step:
                image: ruby:2.5.1
                caches:
                    - bundler
                script:
                    - apt-get update
                    - bundle install --path vendor/bundle
                    - git config remote.origin.fetch "+refs/heads/*:refs/remotes/origin/*"
                    - git fetch --unshallow
                    - git diff $BITBUCKET_BRANCH origin/master --name-only | xargs --no-run-if-empty bundle exec rubocop
                    - bundle exec brakeman
        feature/*:
            - step:
                image: ruby:2.5.1
                caches:
                    - bundler
                script:
                    - apt-get update
                    - bundle install --path vendor/bundle
                    - git config remote.origin.fetch "+refs/heads/*:refs/remotes/origin/*"
                    - git fetch --unshallow
                    - git diff $BITBUCKET_BRANCH origin/develop --name-only | xargs --no-run-if-empty bundle exec rubocop
                    - bundle exec brakeman
        fix/*:
            - step:
                image: ruby:2.5.1
                caches:
                    - bundler
                script:
                    - apt-get update
                    - bundle install --path vendor/bundle
                    - git config remote.origin.fetch "+refs/heads/*:refs/remotes/origin/*"
                    - git fetch --unshallow
                    - git diff $BITBUCKET_BRANCH origin/develop --name-only | xargs --no-run-if-empty bundle exec rubocop
                    - bundle exec brakeman