data.frame(CHR37, CPG37)のエラーの解除方法が知りたい

Question

if(!sampling == FALSE & length(DMP_IDs) >= sampling){

• DMP_IDs <- DMP_IDs[floor(runif(sampling,1,length(DMP_IDs)))]
• }

allProbe_IDs <- rownames(selDataMatrix)
if(version=="450"){

• target_position <- na.omit(probeID2position(probe_IDs=DMP_IDs,anno_info=Methyl450anno))
• library(dplyr)
• anno_info <- Methyl450anno
• CHR37 <- unlist(anno_info %>% select("CHR"))
• CHR37 <- paste("chr", CHR37, sep="")
• CPG37 <- anno_info %>% select("MAPINFO")
• bg_position <- na.omit(cbind(CHR37,CPG37))
• positionsList <- list("target" = target_position, "background" = bg_position)
• }else if ((version=="EPIC")||(version=="850")){
• target_position <- na.omit(probeID2position(probe_IDs = DMP_IDs, anno_info = EPICanno))
• library(dplyr)
• anno_info <- EPICanno
• CHR37 <- unlist(anno_info %>% select("CHR"))
• print(CHR37)
• CHR37 <- paste("chr", CHR37, sep="")
• print(CHR37)
• CPG37 <- anno_info %>% select("MAPINFO")
• bg_position <- na.omit(cbind(CHR37, CPG37))
• positionsList <- list("target" = target_position, "background" = bg_position)
• }

data.frame(CHR37, CPG37) でエラー:
arguments imply differing number of rows: 1, 0

traceback()

4: stop(gettextf("arguments imply differing number of rows: %s",
paste(unique(nrows), collapse = ", ")), domain = NA)
3: data.frame(CHR37, CPG37)
2: probeID2position(probe_IDs = DMP_IDs, anno_info = EPICanno)
1: na.omit(probeID2position(probe_IDs = DMP_IDs, anno_info = EPICanno)) at #11

このようなエラーが出てしまうのですが、エラー１から４の意味と解除方法を教えて頂けますでしょうか？

if内とelse if内のコードを一つづつ分解して入力する方法も教えて頂きたいです。

Comments

[technocore]

私の前回の回答は解決しましたか？

[s159057]

解決しました。ありがとうございます。

[shimiken]

どの段階でどのエラーが出るのか記載してください

[s159057]

na.omit(probeID2position(probe_IDs = DMP_IDs, anno_info = EPICanno))
のところでエラーが出ます。

[shimiken]

probeID2positionというのは関数ですか？

[s159057]

関数です

[shimiken]

probeID2position(probe_IDs = DMP_IDs, anno_info = EPICanno)

と実行したときにでるエラーを教えてください

[aokikenichi]

本件のタグ「機械学習」でも「文字コード」でもないですね。
示していただいたところ以外で関係するのかも知れませんが、ご質問内容としては
R
で十分かと。

Answer 1

data.frame(CHR37, CPG37) でエラー: 
arguments imply differing number of rows: 1, 0

はCHR37が長さ1でCPG37が長さ0でデータフレームを作ろうとしているので叱られたエラーですね

示していただいたコードではないところに

data.frame(CHR37, CPG37)

があるのかと思います。
その直前でCHR37、CPG37が想定した長さになっているか確認してみてください。

おそらくCHR, chr, ChrあるいはMAPINFOがMapinfoなどの表記ゆれでselectしているあたりで思うどおりのデータが取得出来ていないと
思われます。

「if内とelse if内のコードを一つづつ分解して入力する方法も教えて頂きたいです。」
はどういうことでしょうか。意味がわからないです。
気になるのはifとelse ifで判別しているのに

CHR37 <- paste("chr", CHR37, sep="")

など同じ処理の記述が重複しているところです。同じ処理はできるだけifから出して1回で済ませた
方がよろしいです。

元バイオインフォマティクス関連で仕事をしていました。バイオ型のデータは表記ゆれ等が多いので、事前にtable, summary関数等でどういったデータになっているかを検証する。
途中経過が思い通りになっているか確認することが大切かと思います。