マージ後一部のファイルだけをマージ更新リストから除くには？

Question

AブランチにBブランチをマージし、新たなAブランチを作成
A,BともにMasterでもDevelopでもない
マージ後の更新リストAは次にDevelopにマージする予定である

マージ後、pull requestし、更新されたファイルリストをGitHubでみたとき、マージ対象からはずしてよいファイルXがみつかった。

そのファイルXはDevelopやMasterに存在し、かつ必要なファイルであり当然Git管理されているため、マージ後のリストから削除はできないはずである。
ignoreは使用できない

上記のマージ後更新リストから、一部のファイルだけを除外するにはどうしたらよいでしょうか？

Comments

[yamap55]

全然意味が分かりません。後で見る別の回答者の方へのメモ的な意味も含みつつ確認事項を記載します。

1. 登場するブランチはA、B、新A（AにBをマージ）、Master、Developの5個であっている？
2. Masterブランチは関係ある？
3. 「マージ後の更新リストA」とは何？新Aブランチの事ですか？
4. 新AをDevelopにマージするためにpull requestしたら、ファイルXが差分として表示された。このXをDevelopにマージしたくない（DevelopのファイルXに修正を加えたくない）という事であっている？

[sakura-shi]

１　はい
２　今直接関係はないです
３　そのとおりです
４　そのとおりです

どうしたら４が実現できるでしょうか？

Answer 1

質問への追記・修正の依頼での記載を元に回答いたします。

新AをDevelopにマージするためにpull requestしたら、ファイルXが差分として表示された。このXをDevelopにマージしたくない（DevelopのファイルXに修正を加えたくない）という事であっている？

ファイルXの状態をDevelopに戻した上でコミットし、その状態でpull requestを行えば解決いたします。
（途中のコミット内では差分が出ていますが、最終的に取り消されているためmerge時には問題にならない）

コマンドのサンプル

git checkout 新A
git checkout Develop ファイルX
git add ファイルX
git commit -m "[fixed] ファイルX"
git push origin HEAD