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Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

Matplotlib

MatplotlibはPythonのおよび、NumPy用のグラフ描画ライブラリです。多くの場合、IPythonと連携して使われます。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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FuncAnimationで図示できなくて困っています。

syoshinnsya1

総合スコア2

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投稿2020/06/07 11:02

前提・実現したいこと

おそらく、matplotlib.animationの基本的な質問です。
pythonで拡散律速凝縮の数値シミュレーションをするためのコードを自作しているのですが、数値計算の結果をanimationで図示することができません。
各イリテーションごとにグラフを返す二つの配列を生むジェネレーターを指定する方法を目指しています。

発生している問題・エラーメッセージ

missing 1 required positional argument: 'P_core'

該当のソースコード

全体のコードが長いので、グラフの描写に大きくかかわる部分だけ表示しています。
ちなみに、N_cell,N_core,P_cell,P_coreはステップごとに変化しています。
P_cellはブラウン運動をしていて毎ステップごとに変化しています。

python

1"""メイン部分計算関数""" 2def process(P_cell,P_core,N_core,N_cell): 3 for n in range(0,total_steps): 4 P_cell = move(P_cell,N_cell) 5 P_cell,P_core,N_core,N_cell = detection(P_cell,P_core,N_core,N_cell) 6 yield P_cell,P_core 7 8 9"""描写する関数""" 10def plot(P_cell,P_core): 11 ax.cla() 12 ax.set_xlim((-20, 20)) 13 ax.set_ylim((-20, 20)) 14 ax.set_aspect("equal") 15 plt.grid() 16 for i in range (0,N_cell): 17 a = patches.Circle(xy = (P_cell[0,i],P_cell[1,i]),radius =0.5,color = "y") 18 ax.add_patch(a) 19 for i in range (0,N_core): 20 b = patches.Circle(xy = (P_core[0,i],P_core[1,i]),radius =0.5,color = "b") 21 ax.add_patch(b) 22 23 24"""基本部分""" 25total_steps = 100 26#初期値 27N_cell = 10 28N_core = 1 29r = 1 #1stepでランダムウォークする距離 30R = 1 #核に取り込まれる距離 31P_cell = 20 * np.random.rand(2,N_cell) - 10*np.ones((2,N_cell)) #-10から10までの乱数配列を作成 32P_core = np.zeros((2,N_core)) 33# print(distance(P_cell,P_core,N_core,N_cell)) 34fig,ax = plt.subplots(figsize =(10,7)) 35 36 37anim = animation.FuncAnimation(fig, plot, frames=process(P_cell,P_core,N_core,N_cell),save_count=10)

試したこと

①グラフ描写以外の部分に問題があるかどうか数値計算の結果を見たところ、問題はなさそうでした。
②返される結果のうち片方だけを表示しようとしたところ(ジェネレーターでC_cellだけを生成したところ)動き方がスムーズではないもののきちんと表示されました。

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回答1

0

自己解決

ジェネレーターで渡さずに、N_cell,N_core,P_cell,P_coreをステップごとに辞書に格納して、辞書のkeyでfuncのフレームを回すことで解決しました!

投稿2020/06/07 16:13

syoshinnsya1

総合スコア2

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