AWSデプロイ途中のGemfileやディレクトリが見つからずにエラーになる

Question

前提・実現したいこと

AWSでのデプロイ
①EC2インスタンスを作成後、デプロイ作業の途中でGemfileが存在しないとのエラーが発生する
②bundle exec cap production deployコマンド実行後にエラーが発生

今回のデプロイは2回目で、以前使用していたEC2を使用してる為環境構築は完了しています。
(Ruby,Node.js,Mysql,nginx,unicorn,capistrano)

発生している問題・エラーメッセージ

bundlerインストール後
$ bundle install
結果
Could not locate Gemfile

ユニコーン起動時
$ bundle exec unicorn_rails -c config/unicorn.rb -E production -D
結果
Could not locate Gemfile or .bundle/ directory

ログ確認
$ less log/unicorn.stderr.log
結果
log/unicorn.stderr.log: そのようなファイルやディレクトリはありません

ローカル
$ bundle exec cap production deploy
結果
runners/parallel.rb:10 run> terminated with exception (report_on_exception is true):
Traceback (most recent call last):
        1: from /Users/shiro/.rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sshkit-1.21.0/lib/sshkit/runners/parallel.rb:11:in `block (2 levels) in execute'
/Users/shiro/.rbenv/versions/2.5.1/lib/ruby/gems/2.5.0/gems/sshkit-1.21.0/lib/sshkit/runners/parallel.rb:15:in `rescue in block (2 levels) in execute': Exception while executing as ec2-user@18.179.106.191: git exit status: 128 (SSHKit::Runner::ExecuteError)
git stdout: Nothing written
git stderr: ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.
(Backtrace restricted to imported tasks)
cap aborted!
SSHKit::Runner::ExecuteError: Exception while executing as ec2-user@18.179.106.191: git exit status: 128
git stdout: Nothing written
git stderr: ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.

Caused by:
SSHKit::Command::Failed: git exit status: 128
git stdout: Nothing written
git stderr: ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.

Tasks: TOP => deploy:check => git:check
(See full trace by running task with --trace)
The deploy has failed with an error: Exception while executing as ec2-user@18.179.106.191: git exit status: 128
git stdout: Nothing written
git stderr: ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.

** DEPLOY FAILED
** Refer to log/capistrano.log for details. Here are the last 20 lines:
以下省略

該当のソースコード

pp_path = File.expand_path('../../../', __FILE__)

worker_processes 1

working_directory "#{app_path}/current"
pid "#{app_path}/shared/tmp/pids/unicorn.pid"
listen "#{app_path}/shared/tmp/sockets/unicorn.sock"
stderr_path "#{app_path}/shared/log/unicorn.stderr.log"
stdout_path "#{app_path}/shared/log/unicorn.stdout.log"

timeout 60

preload_app true
GC.respond_to?(:copy_on_write_friendly=) && GC.copy_on_write_friendly = true

check_client_connection false

run_once = true

before_fork do |server, worker|
  defined?(ActiveRecord::Base) &&
    ActiveRecord::Base.connection.disconnect!

  if run_once
    run_once = false # prevent from firing again
  end

  old_pid = "#{server.config[:pid]}.oldbin"
  if File.exist?(old_pid) && server.pid != old_pid
    begin
      sig = (worker.nr + 1) >= server.worker_processes ? :QUIT : :TTOU
      Process.kill(sig, File.read(old_pid).to_i)
    rescue Errno::ENOENT, Errno::ESRCH => e
      logger.error e
    end
  end
end

after_fork do |_server, _worker|
  defined?(ActiveRecord::Base) && ActiveRecord::Base.establish_connection
end

# config valid for current version and patch releases of Capistrano
lock "~> 3.14.0"

set :application, "simpleisbest"
set :repo_url, "[e-mail]:shiropt/typ-pro.git"

set :linked_dirs, fetch(:linked_dirs, []).push('log', 'tmp/pids', 'tmp/cache', 'tmp/sockets', 'vendor/bundle', 'public/system', 'public/uploads')

set :rbenv_type, :user
set :rbenv_ruby, '2.5.1'

# chat-spaceで使ったpemを指定
set :ssh_options, auth_methods: ['publickey'],
                  keys: ['~/.ssh/shiro.pem']

set :unicorn_pid, -> { "#{shared_path}/tmp/pids/unicorn.pid" }
set :unicorn_config_path, -> { "#{current_path}/config/unicorn.rb" }
set :keep_releases, 5

set :linked_files, %w{ config/secrets.yml}

after 'deploy:publishing', 'deploy:restart'
namespace :deploy do
  task :restart do
    invoke 'unicorn:stop'
    invoke 'unicorn:start'
  end

  desc 'upload secrets.yml'
  task :upload do
    on roles(:app) do |host|
      if test "[ ! -d #{shared_path}/config ]"
        execute "mkdir -p #{shared_path}/config"
      end
      upload!('config/secrets.yml', "#{shared_path}/config/secrets.yml")
    end
  end
  before :starting, 'deploy:upload'
  after :finishing, 'deploy:cleanup'
end

試したこと

①Gemfileがないと言われているので$find-nameGemfileコマンドを実行
下記のディリクトリにあることを確認しcdしてbundle install
/usr/share/ruby/gems/2.0/gems/json-1.8.3/Gemfile
結果

[!] There was an error parsing `Gemfile`: There are no gemspecs at /usr/share/ruby/gems/2.0/gems/json-1.8.3. Bundler cannot continue.

 #  from /usr/share/ruby/gems/2.0/gems/json-1.8.3/Gemfile:5
 #  -------------------------------------------
 #  
 >  gemspec :name => 'json'
 #  gemspec :name => 'json_pure'
 #  -------------------------------------------

database.ymlのsecret_key_baseがsshに保存してあるsecret_key_baseと異なっていたので変更してみましたが解決しておりません。

　
②エラー文から以下を実行
・リモートリポジトリのアクセス権が正しくないので、sshKeyを再発行してGithubへ登録。$ssh -T git@githubコマンドを実行し接続が出来ていることは確認出来ました。
・ log/capistrano.logを確認。やはり下記のエラー文がある

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ruby 2.5.1
Rails 5.0.7.2
bundler 2.1.4
capistrano 3.14.0

Answer 1

deploy実行前に github にpushしていないように思われます。
git push してからdeployしてください。

判断の理由
localではGemfileがgit管理されている
サーバーには１fileしかない

Comments

[shiropt]

ご指摘ありがとうございます。
pushした結果bundle installは出来るようになりましたが
$bundle exec cap production deploy実行後はやはり同じエラーが発生してしまいます。
また、互換性があるかわかりませんが、ユニコーン起動時にも下記のエラーが発生しております、
bundler: failed to load command: unicorn_rails (/home/ec2user/.rbenv/versions/2.5.1/bin/unicorn_rails)

[winterboum]

> pushした結果bundle installは出来るようになりましたが
> $bundle exec cap production deploy実行後はやはり同じエラーが発生してしまいます。

この手順を、keyboadに打ち込んだ内容そのまま載せてください。
historyがとれたらそれも

[shiropt]

ギットハブデスクトップにてプッシュを実行しました。
historyは以下の様になっております。
deploy.rb
set :repo_url, "[e-mail]:shiropt/typ-pro.git"
↓
set :repo_url, "[e-mail]:shiropt/Typro.git"
リポジトリ名を変更しており、それが反映されていなかった事がGemfileが見つからなかった原因かと思います。
push後にsshでbundle installすると成功

$bundle exec cap production deploy
結果
エラー文
01 ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
01 fatal: Could not read from remote repository.
01
01 Please make sure you have the correct access rights
01 and the repository exists.
リモートリポジトリとの接続周りをもう一度確認してみます。

[winterboum]

ssh: connect to host example.com port 22: Network is unreachable
まずこれを解決かな

[shiropt]

返信遅れて申し訳ございません。
色々検証した結果、自分の知識不足から解決する事が難しそうでしたので、基礎から学び直してEC2インスタンスを再構築する事に致しました。長々とお付き合いいただき本当にありがとうございました。

Answer 2

/usr/share/ruby/gems/2.0/gems/json-1.8.3/Gemfile　
これは違います。jsonのgemのためのものでdeployしたアプリのものではないです。

deployは手作業？capstroとか使ってます？　どのdirに置かれるようにしていますか？

Comments

[shiropt]

回答ありがとうございます。
deployはcapistranoを使い、dirは/var/wwwに置いております。

[winterboum]

その下にcurrent というのは無いですか？
そこに移ってやってください
しかし、capならbundle install もしてくれない？？

[shiropt]

dirは/var/www/アプリ名となっております。
currntというdirは見つかりませんでした。
どのdirで実行しても[Could not locate Gemfile]と表示されてしまいます。
capでbundle installもしてくれるというのはどのタイミングでしょうか？
知識不足ですみません。

[winterboum]

/var/www/アプリ名　の下にない？
find /var/www/アプリ名 -name Gemfile
するとどうなります？

[shiropt]

/var/www/アプリ名　の下にはREADME.mdがあります。
find /var/www/アプリ名 -name Gemfileを実行すると何も起こりませんでした。

[winterboum]

すると、Gemfileがgit管理されていないのかも。
開発環境で
git log Gemfile
するとどうなります？

[shiropt]

```
commit d85d5040f1ec51943f83dbfecd261dfe1bec6007
Author: shiropt <[e-mail]>
Date: Fri Jun 5 13:48:16 2020 +0900

deploy

commit 3626fb621c75da92b344f095741c981d21d67641
Author: shiropt <[e-mail]>
Date: Fri Jun 5 11:18:11 2020 +0900

gem追加

commit e89e213733e5335de8def18f2545501366313bfc
Author: shiropt <[e-mail]>
Date: Sun May 31 21:00:24 2020 +0900

Gem追加

commit 1bcc908a721ba1d83ffb3918d65317ef04b8f551
Author: shiropt <[e-mail]>
Date: Mon May 4 13:34:59 2020 +0900

Initial commit
```
上記の様に表示されました。

[winterboum]

/var/www/アプリ名　の下にはREADME.md以外何がありますか？

[shiropt]

README.mdのみとなっております。