質問文から見るに、バックエンドとは何か?Firebaseとは何か?といった基本的なところの理解が足りていないと思います。とはいえFirebaseを使うべきとか、使わないべき(ほかの手段で構築すべき)というところを検討するステップには来ているように思います。回答としては「要件によるので要件ごとに判断してください」です。
一口にバックエンドと言っても役割は様々です。
たとえばTwitterやLINEのようなユーザーがテキスト・画像などをバックエンドに送信、あるいはサーバーから取得して表示することが基本となるサービスではFirebase Realtime DatabaseやCloud Firestoreを採用することでバックエンドの実装コスト(学習・構築・メンテナンスの時間と工数)を抑えることができるでしょう。ただ、採用せずに自力でPHPを書いて構築することもできますし、機能の基本的なところを実装するのはさほど困難ではないです。
リプライが来た時にユーザーのスマホにプッシュ通知を送信したい場合は、Firebase Cloud Messagingを採用するとかなり便利です。この機能はPHPで自力で実装するのはコストがバカ高いので、Firebaseが俎上にあがった時点で採用を決めていいレベルです。
ここまではFirebaseが得意な機能の話。
ところでLINEやTwitterにはBotと呼ばれるサービスがありますね。
たとえば毎日決まった時間にその日の天気予報を投稿するBotを作ろうと思ったときに、ざっくり考えてバックエンドとして「天気予報をなにがしかのサービスから取得する処理」「取得した天気予報を投稿する処理」が必要です。
投稿する処理はいいとしても天気予報を取得してくるような処理はFirebaseやAWSのビルトインの機能にはありません。Firebaseが得意じゃない機能の話。
ない部分については作るしかありませんので、実装自体はPHPなりお好きな言語で作るとして、サーバーに乗せてcronで回すだけでよしとするなり、APIを作っておいてオンデマンドに実行できるようにしたり、それならサーバーじゃなくてFirebaseとかAWSとかにホスティングさせといたほうがいいやと判断するなり、実現する方法はいくらでもあります。その選択肢の中からどれを採用するのかというのは要件次第で検討しなければなりません。
就職の際に、FIrebaseをよく使っている会社様にアピール材料としてバックエンドにphpやAWSなどを用いたiphoneアプリなどを提出した場合、評価などが悪くなる可能性はありますか?
ところでこちらのご質問ですが、どう評価するかは評価する人の判断なのでなんともいえないところではあります(そういう回答を求めているのではないと思いますが)
が、まあFirebaseをよく使っていることが事前にわかっているのであれば、「Firebaseを使ってこういうサービスを作った、具体的には〜〜の役割を〜〜の機能で実装した」みたいな話ができるといいんじゃないですかね。別にできなくてもいいと思いますけど。
Firebaseって何ですか?ってレベルだとやばいかもしれませんが。技術力うんぬんの問題ではなくて、トレンドを知らないのはやばいという意味ですが。