dockerでpymysqlを動かす際にcan't connect to MySQL serverとエラーが出てしまいます。

Question

前提・実現したいこと

docker上でエラーなく、DjangoのChannelsを用いたサンプルチャットアプリを動かしたいです。まずは、GithubのReadme.mdに書かれていたように動かしていたのですが、エラーが出てしまい、できるだけ怪しいところを調べて修正してみたりしたのですが、全てダメでした。(知識不足なのでそれほどたくさんのことも試せていませんが...)

発生している問題・エラーメッセージ

django_1  |   File "/usr/local/lib/python3.6/socket.py", line 745, in getaddrinfo
django_1  |     for res in _socket.getaddrinfo(host, port, family, type, proto, flags):
django_1  | socket.gaierror: [Errno -2] Name or service not known
django_1  |
django_1  | During handling of the above exception, another exception occurred:
....................
django_1  | pymysql.err.OperationalError: (2003, "Can't connect to MySQL server on 'mysql' ([Errno -2] Name or service not known)")
....................
mysql_1   | 2020-06-04 10:23:22+00:00 [Note] [Entrypoint]: Initializing database files
mysql_1   | mysqld: [Warning] World-writable config file '/etc/mysql/my.cnf' is ignored.
mysql_1   | 2020-06-04T10:23:22.988744Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
mysql_1   | 2020-06-04T10:23:23.001398Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
mysql_1   | 2020-06-04T10:23:23.001908Z 0 [ERROR] Aborting
mysql_1   |
channels_demo-master_mysql_1 exited with code 1

該当のソースコード

import pymysql
pymysql.install_as_MySQLdb()

DATABASES = {
    'default': {
        'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
        'NAME': 'test',
        'USER': 'test',
        'PASSWORD': 'test',
        'HOST': 'mysql',
        'PORT': 3306,
        'OPTIONS': {'charset': 'utf8mb4'}
    }
}

...
 mysql:
    image: mysql:5.7
    ports:
      - 3306:3306
    environment:
      - MYSQL_ROOT_PASSWORD=test # YOUR PASSWORD
      - MYSQL_ROOT_HOST=%
    volumes:
      - ./db/db-datadir:/var/lib/mysql
      - ./db:/docker-entrypoint-initdb.d
      - ./db/my.cnf:/etc/mysql/my.cnf
...

試したこと

こちらの記事➡Django Channels でチャットアプリ作成（Python）
を参考にして、Django Channelsで簡単なチャットアプリのようなものを作ろうとしています。この記事のリンク先にあったgithubのコード(masanori0209/channels_demo)に従って、docker上でプログラムを動かそうとdocker-compose up-dや、docker-compose upなどのコマンドを実行しましたが、エラーが出てしまいます。

対処としては、setting.pyのhostの内容を書き換えたりしましたが、全然解決されませんでした。

私自身mysql等のことはほとんどわからない上に、Dockerも初心者なので、どこか根本的なところでつまずいていると思っているのですが、何かわかる方がいらっしゃれば教えていただきたいです。

補足情報（実行環境）

######Docker-toolbox(win10 home edition)
######requirement.txtの内容↓
channels_redis==2.2.1
asgiref==2.3.0
channels==2.1.2
daphne==2.2.1
Django>=2.1.10,<2.2
PyMySQL==0.9.2
pytz==2018.5
redis==2.10.6
uwsgi==2.0.17.1
mysql-connector-python
mysqlclient

Comments

[Orlofsky]

URLは https://teratail.com/help/question-tips#questionTips3-7 の [リンク] で [リンク先のタイトル](http...) に修正してください。

[djanbo]

ご指摘ありがとうございます。只今修正いたしました。

[Yasumichi]

'USER': 'test',

となってますが、root ではないのですか？

> MYSQL_ROOT_PASSWORD

[djanbo]

返信ありがとうございます。
見当外れのことを言っていたら申し訳ないのですが、
'USER': 'root'
とするべきだということでしょうか?
変更はしましたが、状況は変わりませんでした。

また、追記になってしまい申し訳ないのですが、mysqlがexitしてしまっていることが大きな原因になっていると思ったので、エラーログのところにそこについて追記させていただきました。

何かおかしいところなどあれば教えていただけるとありがたいです。

Answer 1

mysqlのログにある通り，初期化エラーによりMySQLの起動に失敗しています．

mysql_1   | 2020-06-04T10:23:23.001398Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.

エラーメッセージの通り，初期化時にはデータディレクトリは空である必要があるが空でないので初期化に失敗しています．
MySQLのディレクトリとしてローカルディレクトリをマウントしていますが，
この内容(./db/db-datadir)を空にして実行すると起動すると思います．

Comments

[djanbo]

ありがとうございます。本当に初歩的なところでつまずいていました。
./db/db-datadirを空にして、コンテナをもう一度起動したら成功しました。