jni.hは使用しているjdkのincludeディレクトリの下にあります。
これは環境ごとに異なると思うので、いろいろ探してみてください。
無事見つけることができたら、次はMakefileの中身のINCLUDEのパスをincludeディレクトリへのパスに変更してください。
ここまでいけばビルドできるはずです。
ビルドができたらmecab.jarとlibmecab.soがあるはずなので、mecab.jarをクラスパスに追加して、
「libmecab.soがあるディレクトリパス」をTomcat起動時に指定します。
指定の仕方は、catalina.shの最初のあたりで「set JAVA_OPTS="-Djava.library.path=パス"」とすれば大丈夫です。
最後に、/etc/ld.so.confに/usr/local/libを追加して、ldconfigを実行し、Tomcatを起動します。
エラー無く起動すれば成功です。
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