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WinBUGS

WinBUGSとは、BUGSをWindowsに移植したフリーのソフトウェアです。Windows上でのベイズ階層モデルの解析が可能。汎用性を持つため、ベイズ解析では幅広く使用されています。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Q&A

1回答

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R上でWinBUGSを動かしたいのですが、WinBUGS側でエラーが出てしまいます。R/MCMC

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WinBUGSとは、BUGSをWindowsに移植したフリーのソフトウェアです。Windows上でのベイズ階層モデルの解析が可能。汎用性を持つため、ベイズ解析では幅広く使用されています。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2020/05/07 10:42

編集2020/05/08 08:27

R上でWinBUGSを動かすためにR2WinBUGSというパッケージを使っています。
問題は、このコードを実施するとWinBUGSが立ち上がるのですが、WinBUGSで以下のようにlogが出て止まってしまいます。
(ファイルが開けないというエラーメッセージが出てしまいます。)
一時ファイルのフォルダには確かにここで指定されているそれぞれのファイルが存在するので、開けないという問題が何を指しているのかよくわかりません。
どなたか、R2WinBUGSを使ってMCMCを回したことのある方、教えて頂ければ幸いです。

logは以下のようです。

display(log)
check(C:/WinBUGS/GLM_Poisson.txt)
model is syntactically correct
data(C:/WinBUGS/data.txt)
undefined variable
compile(3)
inits(1,C:/WinBUGS/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(2,C:/WinBUGS/inits2.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
inits(3,C:/WinBUGS/inits3.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(2)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(alpha)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(beta1)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(beta2)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(beta3)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(lambda)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
set(deviance)
command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out)
dic.set()
command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
coda(,C:/WinBUGS/coda)
command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out)
stats(
)
command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out)
dic.stats()

DIC
history(*,C:/WinBUGS/history.odc)
command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out)
save(C:/WinBUGS/log.odc)
save(C:/WinBUGS/log.txt)

コードは

#p64 BUGS言語によるモデルの記述
sink("GLM_Poisson.txt")
cat("
model {
alpha ~ dunif(-20,20)
beta1 ~ dunif(-10,10)
beta2 ~ dunif(-10,10)
beta3 ~ dunif(-10,10)
for (i in 1:n){
c[i] ~ dpois(lambda[i])
log(lambda[i]) <- log.lambda[i]
log.lambda[i] <- alpha + beta1 * year[i] + beta2 * pow(year[i],2) +
beta3 * pow(year[i],3)
}
}
",fill = TRUE)
sink()

bugs.dir <- "c:/Program Files/WinBUGS14"

#データの設定(修正)
mean.year <- mean(data$year) #年の共変量の平均
sd.year <- sd(data$year) #年の共変量の標準偏差
win.data <- list(C = data$C,n = length(data$C),
year = (data$year - mean.year) / sd.year)

#初期値の設定
inits <- function() list(alpha = runif(1,-2,2),beta1 = runif(1,-3,3))

#監視(推定)対象パラメータの設定
params <- c("alpha","beta1","beta2","beta3","lambda")

#MCMCの設定
ni <- 2000
nt <- 2
nb <- 1000
nc <- 3

#RからWinBUGSを呼び出す
out <- bugs(data = win.data, inits = inits, parameters.to.save = params,
model.file = "GLM_Poisson.txt", n.chains = nc, n.thin = nt,
n.iter = ni, n.burnin = nb, debug = TRUE, bugs.directory = bugs.dir,
working.directory = getwd())

print(out,dig = 3)

追加

RStudioのコンソールには

Error in file(con, "rb") : コネクションを開くことができません
追加情報: 警告メッセージ:
file(con, "rb") で:
ファイル 'C:/Program Files(x86)/OpenBUGS/OpenBUGS323/System/Rsrc/Registry.odc' を開くことができません: No such file or directory
bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE, でエラー:
WinBUGS executable does not exist in C:/Program Files(x86)/OpenBUGS/OpenBUGS323

と出ています。

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回答1

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すべての推定パラメータに初期値の設定ができていないため、gen.initで初期値を生成・設定しているようです。このgen.initで生成した初期値がパラメータの推定範囲を外れて矛盾するため、計算できていないように見えます。alpha、beta1だけでなく、beta2、beta3、lambda、cなどにも初期値を与えれば計算できるようになるかと思います。

投稿2021/03/10 08:36

sb8001at

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