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Windows 10は、マイクロソフト社がリリースしたOSです。Modern UIを標準画面にした8.1から、10では再びデスクトップ主体に戻され、UIも変更されています。PCやスマホ、タブレットなど様々なデバイスに幅広く対応していることが特徴です。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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Rでパッケージ(DESeq2)がインストールできません

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投稿2020/04/17 07:21

編集2020/04/17 07:58

R Studio(Version 1.2.5033)でDESeq2というパッケージを使用したく、ネットの情報をもとに以下のように入力しました。

R

1> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 2+ install.packages("BiocManager") 3> BiocManager::install("DESeq2")

しかし、以下のようなエラーが出てしまいます。

R

1* installing *source* package 'GenomeInfoDbData' ... 2** using staged installation 3 file(file, if (append) "a" else "w") 縺ァ隴ヲ蜻翫′縺ゅj縺セ縺励◆: 4 繝輔ぃ繧、繝ォ 'C:/Users/hoge/OneDrive/hLg/R/win-library/3.6/00LOCK-GenomeInfoDbData/00new/GenomeInfoDbData/DESCRIPTION' 繧帝幕縺上%縺ィ縺後〒縺阪∪縺帙s: Invalid argument 5Error in file(file, if (append) "a" else "w") : 6 繧ウ繝阪け繧キ繝ァ繝ウ繧帝幕縺上%縺ィ縺後〒縺阪∪縺帙s 7ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package 'GenomeInfoDbData' 8* removing 'C:/Users/hoge/OneDrive/ドキュメント/R/win-library/3.6/GenomeInfoDbData'

実際、このあと > library(DESeq2) をしても、

R

1要求されたパッケージ GenomeInfoDb をロード中です 2Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 3 ‘GenomeInfoDbData’ という名前のパッケージはありません 4 エラー: パッケージ ‘GenomeInfoDb’ をロードできませんでした

となります。 > BiocManager::install("DESeq2", dependencies=TRUE) も試しましたが、駄目でした。
また "C:/Users/hoge/OneDrive/ドキュメント/" にカタカナが含まれるせいかと考え、Documents にフォルダ名を変更し、R studio の Default working directory も変更しましたが同様の結果になりました。
どうすれば、良いでしょうか?

【追記】

R

1> sessionInfo() 2R version 3.6.3 (2020-02-29) 3Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 4Running under: Windows 10 x64 (build 18362) 5 6Matrix products: default 7 8locale: 9[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan.932 LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japan.932 10 11attached base packages: 12[1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base 13 14other attached packages: 15[1] IRanges_2.20.2 S4Vectors_0.24.4 BiocGenerics_0.32.0 16 17loaded via a namespace (and not attached): 18[1] BiocManager_1.30.10 compiler_3.6.3 tools_3.6.3 RCurl_1.98-1.1 bitops_1.0-6

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KojiDoi

2020/04/17 07:49

sessionInfo() を実行した結果を追記していただけませんか。
i113

2020/04/17 07:58

どうもありがとうございます。 sessionInfo() を行いました。
KojiDoi

2020/04/17 08:10

とりあえず、 Sys.setlocale("LC_ALL", "C") を実行してからインストールを試みると、エラーメッセージが文字化けせずに読めるのではないかと思います。
i113

2020/04/21 01:34

どうも有り難うございます。 > Sys.setlocale("LC_ALL", "C") [1] "C" > if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) + install.packages("BiocManager") > BiocManager::install("DESeq2") packageVersion("BiocManager") 縺ァ繧ィ繝ゥ繝シ: there is no package called 'BiocManager' > となり、インストール自体が出来なくなってしまいました。

回答1

0

自己解決

Windows側のバグでした

投稿2020/04/24 07:31

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