Ajaxにて配列をGETパラメータで引き渡す方法、及びサーバサイドでのパース処理について

RESTfulなWEBアプリケーションを構築しています。
現在、クライアントサイド（HTML5 + JavaScript）から、サーバサイド（Java Spark Framework）のAPIをHTTPメソッドGETでキックする必要があり、その際の配列データの受け渡しで困っています。

通常Ajaxのdataパラメータを利用することと思いますが、下記のように配列を含めた場合、
GETパラメータはarray[]=hoge1&indexName[]=hoge2&indexName[]=hoge3のようにキー名に[]が
付与される形で渡されることになるかと思います。

var req = {"array": ["hoge1", "hoge2", "hoge3"]}

function() {
    $.ajax({
        url: xxxxxxxxxx,
        type: "GET",
        dataType: "json",
        data: req
    }).done(function(res) {

    }).fail(function(res) {
});

一方で下記の記事のように、カンマ区切りの文字列で渡す方法もあるのかなと思います。
http://javatechnology.net/ajax/json-parameter-array/

var req = {"array": "hoge1, hoge2, hoge3"}

function() {
    $.ajax({
        url: xxxxxxxxxx,
        type: "GET",
        dataType: "json",
        data: req
    }).done(function(res) {

    }).fail(function(res) {
});

いずれもサーバサイドのパース処理次第でどうにでもなるのかなと思いますが、
クエリパラメータの仕様として階層構造を持ったデータの渡し方が定められているのでしょうか？
クライアントもサーバもオレオレ仕様でやり取りしているだけでしょうか？

RESTFulなAPIを設計した場合、このようにGETで階層構造を持つデータをやり取りする際に、
煩雑だなと感じています。（全てPOSTもありなのではないかと。）

これは蛇足ですが、もしご存知でしたら
サーバサイド（Java）のクエリパラメータのパース処理ライブラリがあればご教示ください。