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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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R:COX回帰分析のカテゴリー変数でのreferenceの変更

m4a1h

総合スコア5

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2020/03/09 02:39

前提・実現したいこと

初めて質問させていただきます。よろしくお願いいたします。
現在、Rでrmsパッケージを用いてcox回帰分析を行っております。
下記のコードを入力した際のreferenceを変更したいのですが、なかなかうまくいきません。

症例数が最多であるgrade1がreferenceになります。
level等で順序を決めても変わりませんでした。
カテゴリー変数を用いる場合で回帰分析を行う際のreferenceを設定する方法を教えてください。
いろいろ調べてみてやってはみたもののなかなかうまくいかず、申し訳ございません。

よろしくお願いいたします。

発生している問題・エラーメッセージ

> summary(cox) Effects Response : Surv(time, os == 1) Factor Low High Diff. Effect S.E. Lower 0.95 Upper 0.95 grade - 0:1 2 1 NA -0.23035 0.44092 -1.09450 0.633840 Hazard Ratio 2 1 NA 0.79426 NA 0.33469 1.884800 grade - 2:1 2 3 NA 0.26053 0.39246 -0.50868 1.029700 Hazard Ratio 2 3 NA 1.29760 NA 0.60129 2.800400 grade - 3:1 2 4 NA -1.00360 0.51727 -2.01750 0.010202 Hazard Ratio 2 4 NA 0.36655 NA 0.13299 1.010300 grade - 4:1 2 5 NA 0.11657 0.43522 -0.73644 0.969570 Hazard Ratio 2 5 NA 1.12360 NA 0.47881 2.636800 ハザード比のreferenceがGrade1になっている。 →Grade0をreferenceとしたい。

該当のソースコード

set.seed(7) grade =as.character(sample(0:4,100,replace = T)) time = as.integer(runif(100,max = 500,min = 50)) os = rbinom(100,1,0.5) describe(grade) #grade1が最多→referenceになってしまう。 library(rms) train = data.frame(grade,time,os)  #適当に作ったデータフレームなので意味はありませんが、 #grade:ステージ、time:生存時間、os:死亡1生存0、と考えてください。 train$grade = factor(train$grade , levels = c("0","1","2","3","4")) #これで解決するかと思ってましたが、意味があまり無いようです。 dd = datadist(train) options(datadist = "dd") cox = cph(Surv(time, os==1)~ grade,data = train) summary(cox)

試したこと

train$grade = factor(train$grade ,
levels = c("0","1","2","3","4"))#これではうまくいきませんでした。
orderも試してみましたが、ダメでした。

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ベストアンサー

自分でこの類の仕事はしたことがないので詳しいことはわかりませんが、ちょっとググったところでは、以下に答えがあるように見えます。外してたら失礼。

https://stackoverflow.com/questions/11002766/changing-reference-group-for-categorical-predictor-variable-in-logistic-regressi

投稿2020/03/09 15:46

KojiDoi

総合スコア13671

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m4a1h

2020/03/12 02:14

検索不足で大変申し訳ございません。大変助かりました。ありがとうございます。
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