~~Appleは野良配布を認めていません。
Store以外の配布はテスト目的、もしくは、Enterprise Programによる社内配布しかできません。
また、AndroidアプリはAPKを配布する方法が色々ありますが、APKを複製して他の端末に入れられてしまいます。
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AppleはVPPを利用したカスタムApp
Googleはmanaged Google Play
Appleの場合は顧客企業にApple Developer Programに入ってもらう必要がありそうです。これは企業によってはかなりハードル高い認識です。
Googleの場合は説明を斜め読みした感じでは顧客企業の負担は低そうな印象です。
またそれぞれ方式が違うのでAndroid〇〇台、iOS〇〇台というようにプラットフォーム毎に固定台数の契約が必要になりそうですし、プラットフォーム毎に管理・運用が必要です。
この負担を低減するソリューションとしてMDMソリューションがいくつかあると思われます。
また顧客企業が用意した端末で対応するのであればよいのですが、従業員の端末をBYOD方式で使用する場合、MDMを導入するのは困難になりますし、プラットフォーム毎の固定台数契約がしづらくなるのではないでしょうか。
なので、Androidアプリ、iOSアプリともにストアで公開して、ID/PASSログイン制御をする方式の方が敷居は低くなるのではと考えます。また、契約に基づいて払い出したIDを使いまわされてしまってはいけないので、同時ログイン制御や端末登録などの仕組みを実装すべきです。
例えば、Office365製品はAndroid、iOSともに様々な製品がありますが、Office365の契約をしたIDでログインすることで使用できるようになります。(無料である程度利用できるソフトもあります)
Office365製品はID管理をAzure Active Directory(AAD)で管理しているようです。AndroidやiOSはMicrosoft Authentication Library (MSAL) を使用してAADに接続しています。